1、痛經：痛經是巧克力囊腫症狀之一。患有卵巢巧克力囊腫的女性，在月經前甚至週期後半期開始，會發現持續整個月經期至月經後數日消失。當月經到來時，痛經症狀明顯，疼痛部位多在下腹正中，病變部位直到子宮直腸部分。
2、月經不調：巧克力囊腫容易導致月經紊亂，影響女性正常的月經週期，一般會有月經量多、月經持續時間長甚至可能還會出現月經出血的情況。
3、週期性膀胱刺激症狀：會出現經期尿急、尿頻等症狀。若病變發展到膀胱粘膜則會出現週期性血尿和疼痛。
4、性生活疼痛：巧克力囊腫作用在卵巢會導致子宮肌肉收縮，所以患者在同房的時候，肚子會感受到明顯的疼痛，特別是子宮部位。因此患有巧克力囊腫容易影響性生活。
5、不孕：巧克力囊腫症狀還包括不孕。如果女性患有巧克力囊腫，會對卵巢的正常發育帶來阻礙作用，這就會導致卵巢發生排卵障礙，最後引發女性不孕。
6、引發流產、難產：巧克力囊腫在早孕時可能會引起流產，可能還會出現針對於中期妊娠時發生囊腫蒂扭轉，即供應卵巢囊腫的血管發生了扭曲，使卵巢囊腫缺血，甚至壞死破裂的症狀。如果巧克力囊腫症狀嚴重，還可能會引起劇烈腹痛，對於一些存在著的晚期妊娠時囊腫較大者可導致胎位異常，在分娩時可能阻塞產道引起難產。
