1.CA125(卵巢癌相關抗原)值測定 CA125 是一種存在於胚胎體腔上皮副中腎導管衍生物及其贅生物組織中的一種高分子糖蛋白，能與單克隆抗體OC-125發生特異性結合，作為一種腫瘤相關抗原，對卵巢上皮性癌有一定的診斷價值。但在子宮內膜異位症患者，CA125 值可升高，且隨內膜異位症期別的增加，陽性率也上升，其敏感性和特異性都很高，因此對於子宮內膜異位症的診斷有一定的幫助，同時可以檢測子宮內膜異位症的療效。
2.抗子宮內膜抗體(EMAb) 抗子宮內膜抗體是一種以子宮內膜為靶抗原，並引起一系列免疫病理反應的自身抗體，是子宮內膜異位症的標誌抗體。
Mather(1982)研究發現，子宮內膜異位症患者血液、宮頸黏液、陰道分泌物中和子宮內膜處有抗子宮內膜抗體，子宮內膜異位症患者抗子宮內膜抗體的檢測率為70%～80%，因此血清EMAb 的檢測為子宮內膜異位症患者的診斷及療效觀察的有效檢查方法。
其他輔助檢查：
1.B 型超聲檢查 見附件區與子宮密切相連處有輪廓不規則囊腔，液性暗區中充滿瀰漫性雜亂細回聲，或不均勻的片狀回聲，或直腸子宮陷凹有液性暗區。
2.陰道後穹隆穿刺 抽出咖啡色或巧克力色渾濁液，甚至有血性液體。
3.MRI 檢查 MRI 的表現多變，根據所用脈衝序列不同及病灶內成分的不同而異。完全出血性病灶在T1、T2 加權圖像上為均一密度的高信號，T2 加權圖像上信號升高。
4.腹腔鏡檢查 為診斷子宮內膜異位症的最佳方法，是藉助腹腔鏡直接窺視盆腔，見到異位病灶或對可見之病灶進行活檢確定診斷，並可根據鏡檢的情況決定盆腔子宮內膜異位症的臨床分期及確定治療方案。在腹腔鏡下應注意觀察子宮、輸卵管、卵巢、子宮骶骨韌帶、盆腔腹膜等部位有否子宮內膜異位病灶。鏡下異位灶的特點為：呈紅色、青色、黑色、棕色、灰色、點狀、小泡狀、結節狀或息肉樣病灶。
