1.確診後宜立即手術，因流出的囊液可引起盆腔粘連、不育或異位內膜的再次播散和種植。
2.年輕未生育者在吸引和徹底沖洗吸引溢入盆腔內的囊液後，做囊腫剝出術，儘量保存正常卵巢組織，對維持卵巢功能和內分泌功能有助，對日後增加孕育機會也有助。
3.雙側卵巢受累，原則上也儘量做囊腫剝出術，若囊腫與周圍組織粘連緊密，強行剝出易損傷臟器時，則可用無水酒精塗在囊腔內，使囊腔內上皮層壞死，以免日後復發，術後仍宜用藥物治療。
4.對年齡較大且已有子女對側卵巢正常、子宮無受累者為避免日後復發，也可考慮作患側附件切除。
5.卵巢巧克力囊腫破裂者手術時宜徹底清洗腹腔，儘量切除病灶，鬆解粘連，術後關腹前，腹腔內放入慶大黴素8 萬U，地塞米松5mg，玻璃酸酶(透明質酸酶)1000U，生理鹽水250ml，以防術後粘連。
6.術後一般仍宜服用治療子宮內膜異位症的藥物，以防止肉眼未能檢出的病灶或囊液汙染腹腔引起新的播散和種植病灶的產生。
7.藥物治療
(1)高效孕激素：單純高效孕激素治療可抑制子宮內膜增生，使異位的宮內膜萎縮，患者出現停經。一般採用甲羥孕酮(甲孕酮)、炔諾孕酮(18-甲基炔諾酮)等。治療期間如出現突破性陰道出血，可加少量雌激素，如炔雌醇0.03mg/d 或結合雌激素(倍美力)0.625mg/d。治療後的妊娠率與假孕療法相當，但副反應較輕，患者多能堅持治療。
(2)達那唑(Danazol)：是一種人工合成的17α-乙炔睪酮的衍生物，具有輕度雄激素活性。它通過抑制垂體促性腺激素的合成與分泌，以抑制卵泡的發育，使血漿雌激素水平降低;同時，它還可能與雌激素受體結合，導致子宮內膜和異位的子宮內膜萎縮，患者出現閉經，因而又稱此種治療為假絕經療法。體外實驗證明達那唑可抑制淋巴細胞增生和自身抗體的產生，具有免疫抑制作用。推測達那唑還可能通過淨化盆腔內環境，減少自身抗體的產生等而提高受孕能力。常用劑量為400～600mg/d，分2～3 次口服，於月經期第1 天開始服藥，連續6 個月。症狀緩解率達90%～100%，停藥1～2 個月內可恢復排卵。治療後的妊娠率為30%～50%。若1 年內未妊娠，其複發率為23%～30%。
達那唑的不良反應，除可出現痤瘡，乳房變小、毛髮增多，聲調低沉及體重增加等輕度男性化表現外，少數可致肝臟損害，出現血清轉氨酶升高，故治療期間需定期檢查肝功能，如發現異常應及時停藥，一般在停藥2～3 周後肝功能可恢復正常。
(3)孕叄烯酮(18-甲基叄稀炔諾酮)：為19-去甲睪酮的衍生物，作用機制與達那唑相似，但雄激素作用較弱。由於它在體內的半衰期較長，故不必每天服藥。通常從月經期第1 天開始服藥，每次服2.5mg，每週服2 次。治療後的妊娠率與達那唑相近，但不良反應較輕，較少出現肝臟損害，停藥後的複發率亦較高。有人報道停藥1 年的複發率為25%。
(4)促性腺激素釋放激素動劑(GnRH-a)：是人工合成的10 肽類化合物，其作用與垂體促性腺激素釋放激素(GnRH)相同，但其活性比GnRH 強50～100 倍。持續給予GnRH-a 後，垂體的GnRH 受體將被耗盡而呈現降調作用，使促性腺激素分泌減少，卵巢功能明顯受抑制而閉經。體內雌激素水平極低，故一般稱之為“藥物性卵巢切除”。
