子宮內膜異位症累及卵巢多見60%～80%形成囊腫。卵巢巧克力囊腫破裂發病有逐年上升的趨勢卵巢巧克力囊腫具有較強的自發破裂傾向故異位於卵巢表淺部位的卵巢巧克力囊腫常有破裂發生。在內膜異位症術中其破裂發生率為4.2%，實際發生率可能較此數字為高;而因卵巢巧克力囊腫惡變引起的自發性穿孔破裂則少見。
卵巢子宮內膜異位囊腫在下列情況下可以發生破裂：
1.經前或經期反覆出血使囊內壓增加。
2.妊娠期孕激素水平增高或使用外源性孕激素治療時，孕激素使囊壁血管增生、充血水腫、組織軟化而致破裂。
3.排卵口的存在也可致囊腫破裂。
4.因受外力擠壓性生活受壓或婦科檢查也可使囊腫破裂。
卵巢巧克力囊腫常為雙側性囊腫早期表面光滑囊壁較薄，隨月經週期反覆出血而發生纖維性增厚粗糙與闊韌帶、子宮及附件發生粘連，囊壁即變為厚薄不均及質脆。當囊壁血管充血、組織軟化或月經期出血、囊內壓增高或同時受外力影響(如腹壓增高)時，則易導致囊腫破裂。
卵巢巧克力囊腫破裂時，按囊液流出多寡，產生腹痛的輕重程度也不一。如破裂孔小，內容物流出不多，引起局部炎性反應和纖維組織增生，很快被周圍組織包圍粘連。溢入盆腔的陳舊血內如含有活的內膜，可繼發種植於腹腔內使病情進一步發展卵巢子宮內膜異位囊腫裂口大，內容物流出多，則發生劇烈腹痛，形成急腹症。
