有人認為紅斑狼瘡的發病與某些病毒(特別慢病毒)感染有關。人們曾在紅斑狼瘡模型小鼠組織中分離出 C型病毒抗體。特別是在紅斑狼瘡患者的腎小球內皮細胞漿，血管內皮細胞皮損中都可發現類似包涵體的物質，同時患者血清抗體滴度增高。尤其對麻疹病毒，副流感病毒I、II型，EB病毒，風疹病毒等。另外在患者的血清中，有抗RNA抗體及抗雙鏈DNA等抗體存在。
然而這些包涵體類物質只有在被病毒感染的組織中才能找到，在電鏡下觀察這些包涵體樣物質呈小管網狀結構。但這些包涵體樣物質也能在皮肌炎，硬皮病，急性硬化性全腦炎中見到，有人曾企圖從有包涵體樣物質的組織中把病毒分離出來，但沒有獲得成功。所以直到現在還沒有發現在人類紅斑狼瘡發病中與任何病原體有直接關係。
人們猜想，病原體可能只是作為B淋巴細胞的一種刺激因素，促發了本病。 儘管如此，在臨床工作中我們確實發現，無論是細菌感染還是病毒感染都能使狼瘡患者的症狀加重或使原來處於緩解期的患者再次復發。因此積極預防並治療感染，是控制狼瘡活動的重要環節，紅斑狼瘡患者，在平常更應注意防止一切感染，以使病情趨於穩定。
