真空負壓裝置療法
真空負壓裝置療法是使血液積於海綿體內而產生勃起狀態，與正常勃起有所不同;由於橡皮帶的束縛，使流入陰莖的血流減少，故陰莖皮膚溫度低;海綿體外陰莖組織也充血，故陰莖周徑增加較大(平均4.3cm)。正常勃起時陰莖周徑增加平均為2.8cm;射精時精液將停留於尿道近端，要到橡皮帶放鬆後才流出。真空負壓裝置療法(又稱持續勃起功能訓練法或樂大夫康樂器療法)。即把陰莖根部放置入樂大夫康樂器的真空負壓裝置內，通過負壓作用於陰莖海綿體，吸引血液進入陰莖，使陰莖被動勃起，然後經負壓環阻止血液迴流，從而有效維持陰莖勃起時間和硬度，長期訓練可使陽痿、早洩、陰莖短小、性功能衰退的人達到理想的性生活效果。一般年輕患者不易接受負壓裝置，性交頻率較低的老年勃起功能障礙患者及喜歡非侵入、非藥物治療的患者較易接受負壓療法。
心理治療
研究發現,62.7%的陰莖短小綜合徵患者在兒童時期就有焦慮感,而37.3%的患者在青春期才開始焦慮不安(Mondaini N,2005),因此應該強調首先進行心理諮詢。但是,在治療前需要通過性激素水平檢測和仔細的體格檢查,以便與隱匿陰莖、尿道下裂等鑑別開來。
陰莖短小內分泌治療 陰莖短小綜合徵在青春期前可以嘗試內分泌治療,但是青春期以後常需要手術治療。目前有關內分泌治療的具體方法爭議較多,絨毛膜促性腺激素(HCG)的治療效果較為明確,一般每療程總量為10000u,一個療程療效不佳者3個月後可再重複一個療程。目前並無充分證據表明青春期短期補充睪酮可以使陰莖增粗,但是否對生育功能有所改善目前有待於進一步觀察。亦有學者認為兒童早期應用外源性雄激素可能促進性早熟、導致骨齡增加、骨骺早閉、下降調節雄激素受體並最終引起成年永久性小陰莖等副作用。
陰莖短小物理治療 物理治療前後的陰莖長度評估差異不明顯,目前仍然有爭議。
陰莖短小手術治療 以往陰莖延長、增粗手術僅被用於治療各種泌尿生殖系先天性疾病,現在認為後天獲得性疾病及缺損而呈陰莖短小者、陰莖長度和周徑正常而要求改善夫妻性生活者,也屬陰莖延長、增粗手術的適應證。
陰莖延長術主要是在不影響陰莖勃起的穩定和上舉的前提下，切除陰莖淺懸韌帶和部分深懸韌帶，從而增加陰莖體的長度。當然，也有人嘗試行陰莖白膜部分切開而達到陰莖延長的目的。
