1、傳染給孕婦可致流產、死產以及新生兒的死亡孕婦患生殖器皰疹還影響優生優育，可能會引起子宮內感染和新生兒皰疹感染，導致流產、死產、新生兒死亡或發生嚴重後遺症。約半數以上的新生兒皰疹患者會死亡或遺留中樞神經系統的後遺症。
2、反覆發作可給患者帶來很大的痛苦。在發病人中約10%有咽炎，10%男性與26%女性的原發性生殖器皰疹病人同時伴有生殖器以外的病損。此外生殖器皰疹病毒與生殖器惡性腫瘤關係密切。
3、增加艾滋病的危險性。在艾滋病流行地區，生殖器皰疹還為艾滋病病毒進入人體提供通道和便利條件，從而增加了患艾滋病的危險性。
4、心力負累——擔心致癌從心理上來說，生殖器皰疹的發生和復發會造成病人思想負擔過重，而出現心理障礙害怕致癌、害怕傳染給性伴侶、迴避與性伴侶的性生活、不願與異性生活往、導致性功能障礙，影響家庭和睦，甚至發生抑鬱症。
