本病以外用治療為主。皮疹多者可選用抗病毒藥。
1.外用治療主要去除軟疣小體，可在無菌下用睫毛鑷子將軟疣小體擠出，用3%～5%碘酊滴入，或外用0.5%酞丁安搽劑。數目多者可分次分批剔除。
2.將損害中的軟疣小體用小鑷子夾住，將之擠出或挑除，然後點入濃苯酚或33%三氯醋酸液，並壓迫止血。如果疣體較小，且泛發者，可外塗10%碘酊或聚維酮碘，每天2～3次。
3.有報告對於免疫力正常的個體，傳染性軟疣是一種自FE性疾病，典型的單個損害多在2個月內消退，如果不治療整個病程通常可持續6—9個月，也有持續數年者。治療傳染性軟疣既方便又有效的方法主要是外科治療或外用藥物療法。
(1) 鉗除法：這是一種古老的而且至今仍最常使用的療法。方法是用小血管鉗夾住疣體後拔除，然後塗2%碘酊或碳酸或三氯醋酸並壓迫止血。
(2) 冷凍或激光療法：用冷凍療法或激光療法去除疣體。
(3) 化學藥物療法：①10%氫氧化鉀水溶液塗於皮損上，每日2次，至出現炎症徵象或淺表潰瘍時停用;②苯酚，任萬明用80%苯酚液治療200例傳染性軟疣患者，方法是先取80g結晶苯酚放人乾淨的三角瓶內，加入lOOml蒸餾水，然後加熱使其充分溶解後即可分裝使用，治療是採用棉籤蘸上藥液後對準皮損逐個點藥，注意不要將藥液點塗到正常皮膚上以免損傷皮膚，約半分鐘後皮損上便出現一層白色薄膜、周圍略紅腫。停藥1-2天后，皮損處呈現黑褐色壞死結痂，10天左右脫痂癒合。
如仍有個別損害未愈或新出皮損，可重複點藥，直到完全治癒為止。若皮損廣泛數目太多時，應分次治療，以免藥物吸收引起不良反應。結果200例患者全部治癒，其中1次治癒者124例，佔62%，2次治癒者49例，佔24.5%，3次以上治癒者27例，佔13.5%。除21例在塗藥後自覺有輕度燒灼樣痛外，無1例發生其他不良反應。此外，可口服抗病毒藥物或肌內注射干擾素或聚肌胞注射液等。治療過程中要注意患者衣物等用品隔離消毒直到感染消除。
