1.矯正不足或過度矯正：手術後仍殘留近視，或是超過預期的矯正度數變成遠視，是最常見的副作用，視情況可於度數穩定後再次雷射矯正。
2.畏光：在手術後3至6個月內，對光線的敏感度增加，但多會在6個月後逐漸消失，極少病例會持續下去。
3.眩光或複視：手術初期較常見，尤其夜間瞳孔變大較會產生，大部分會慢慢消失，只有少部分會持續下去。
4.手術中的合併症：多數是角膜瓣切割不良，如切割不完全或切割不平整;只要將角膜瓣復位即可恢復，三個月後可再次手術。
5.表皮癒合不良：多見於PRK，可用治療性隱形眼鏡及人工淚水幫助復原。 6.角膜混濁：僅PRK術後會發生，與個人體質及矯正度數愈高有正相關，術後1-3
個月最明顯，須點類固醇眼藥水控制，之後大多會慢慢褪去。 7
.角膜瓣皺摺或移位：僅見於LASIK，可能因外傷引起，會造成不規則散光影響視力，可再手術鋪平。
8.角膜瓣下雜質或表皮入侵：輕微者不影響視力，嚴重者須翻開角膜瓣將其去除。
9.感染：因手術或術後不潔，使傷口受到病菌感染，機率很低，只要早期發現，多數可用藥物控制。
10.乾眼症：雷射術後淚水分泌會減少，可能產生乾眼症狀或使得原本乾眼的人症狀加重，須補充人工淚水治療，約3-6個月可改善。
