斑禿的發病機理目前尚不完全清楚，多數人是由於過度精神緊張和機體勞累引起，但也有的人沒有這些原因。從醫學上講與自身免疫有一定的關係。其病因不明，但情志抑鬱、內分泌障礙等，常易引發此病。
此病可能因高級神經中樞功能障礙，引起皮質下中樞及植物神經功能失調，使毛乳頭血管痙攣，毛髮營養障礙而導致脫髮，如遭受強烈的精神刺激，過度疲勞等，可突然發病或加重病情。
對有過敏背景的斑禿，則可能是一種自體免疫性疾病，除真皮有血管炎和血管周圍炎外，其毛囊血管分支亦有血管炎表現，血管被破壞，造成血管網減少，血量供應不足，致使毛髮脫失。經免疫學研究，這種斑禿可出現抗甲狀腺球蛋白、抗腎上腺細胞、抗甲狀腺細胞等抗體，而無抗毛囊抗體，故認為是一種自體免疫性血管炎性禿髮。
目前還不能肯定斑禿就是自身免疫性疾病，但因可伴發自身免疫性疾病，對皮質激素暫時有效等，至少提示在某些病例中可能包含自身免疫因素。此外，內分泌障礙、病灶感染、腸道寄生蟲等，也可能為致病因素。
