潛伏期1周至6個月，典型損害為受感染局部表皮細胞增生形成的丘疹，直徑2～8mm，單發或多發，圓形或半球形，有蠟樣光澤，中心臍凹狀，並含有乾酪樣栓塞物，丘疹呈肉色或粉紅色，初期質地堅硬，成熟變軟，可擠壓出乾酪樣物，臨床可分兩個類型：
①兒童型：通過皮膚直接接觸或經傳染媒介受感染，軟疣見於面部，軀幹及四肢。
②成人型：可為性傳播，軟疣多見於外生殖器，臀部，下腹部，恥骨部及大腿內側區，肛交者發生於肛門，Lynch報道55例這樣的病例，是從越南和朝鮮回美國的軍人，他們在該國曾有嫖娼史。
皮損可發生於除掌蹠外的任何接觸部位，也可出現於唇，舌及頰粘膜，結膜等，結膜損害可伴有反應性結膜炎或角膜炎，少數損害異常巨大，稱為巨型軟疣，有的可角化而像小的皮角，稱為角化性軟疣，一般無自覺症狀。
感染HIV的病例，傳染性軟疣的發病率增加，而且軟疣廣泛播散和出現大的損害，有報道AIDS病人面部有巨大的軟疣，易與基底細胞上皮瘤混淆，此外，曾報道兩例廣泛的，急性的，數百個軟疣的病人，有接受免疫抑制劑，強的松龍和氨甲喋呤臺療史，認為發病與其免疫抑制有關。
本病屬自限性，一般持續數月至數年。
