汗斑的病原菌為糠秕馬拉色菌(Malassezia furfur)，又稱汗斑菌。汗斑菌為人體皮膚的正常菌群。有報道曾從92%正常人的頭皮上分離出。其他帶菌部位有背、軀幹、四肢、面部等。兒童帶菌率與年齡有關。年齡越大，帶菌率越高。汗斑菌平時腐生於角質層的表層，為孢子形態。在某些條件下，會從孢子相轉變為菌絲相，具有感染力，侵犯周圍組織產生損害。誘發因素包括全身或局部使用皮質激素，皮膚使用油脂類製劑、慢性感染、營養不良、細胞外糖原沉著、家族遺傳等。但臨床上最常見的因素是高溫和多汗。
汗斑全球分佈。在溫帶地區常見於夏秋季。在熱帶和亞熱帶地區則十分流行，可能與人群中的皮膚表皮更換率減緩有關。墨西哥、印度、古巴等很多國家居民發病率高達50%。我國發病率南方高於北方。患者多為成人，男性多於女性。由直接或間接接觸傳染。不感染動物。
汗斑菌具嗜脂性，所以皮損多分佈於皮脂腺豐富的部位。汗斑菌能產生對黑素細胞有抑制作用和細胞毒作用的二羥酸，從而使汗斑損害呈現色素減退。亦有人認為是因為汗斑菌及其代謝產物能阻止陽光透入局部皮膚而干擾了局部皮膚黑素形成所致。
從人體皮膚中能分離出兩種形態的汗斑菌，稱正圓形糠秕孢子菌(Pityrosporum orbiculae)和卵圓形糠秕孢子菌(Pityrosporum ovale)。現一般認為它們是同種異名。
