(1)內分泌系統有問題影響排卵：某些遺傳性或先天性疾病引起卵巢不發育或發育不良而致卵巢中無正常卵泡發育，或卵巢中雖有卵泡發育，但由於內分泌系統紊亂而使卵泡不能發育成熟或排卵。卵巢的功能是受下丘腦、垂體和大腦皮質的功能所左右，如果上述各部位功能失調均可造成卵巢功能紊亂和排卵障礙，如溫度、焦慮、憂傷、高度精神緊張、環境突然改變、營養不良等全身性疾病均可導致下丘腦—垂體—卵巢軸的功能紊亂而抑制排卵造成不孕。另外，體內其他內分泌腺如甲狀腺、腎上腺、胰腺等功能失調亦會影響卵巢排卵和黃體形成而致不孕。
(2)精子和卵子結合時遇到了機械性屏障：女性不孕症約有40%為精子與卵子結合障礙所致，障礙主要是生殖道阻塞，如先天性無孔處女膜，先天性無陰道使性交活動受礙，子宮、輸卵管畸形，輸卵管炎症阻塞以及生殖道本身或生殖道以外的腫瘤壓迫使生殖管道解剖改變，均可阻礙精卵結合。而造成精卵結合障礙的原因中，以盆腔炎及子宮內膜異位症所致的輸卵管阻塞和粘連為主要原因，計劃生育等宮腔手術造成的宮腔粘連也是影響精卵結合的原因之一。
(3)宮頸和子宮的結構或功能有問題：宮頸因素也是不孕症的較為重要原因之一，佔女性不孕的10%～20%。宮頸中重度糜爛、息肉、宮頸裂傷、閉鎖、位置異常及排卵期缺乏應有的宮頸黏液變化(稀薄而透明的變化，pH在7.2～7.5)，均可影響精子的活動力和穿透宮頸的能力，使精卵結合受阻。
