1、胃腸道出血：可表現為嘔血或便血，並伴有缺鐵性貧血，發生率約為45%，其出血來源為食道炎和食道潰瘍。
2、食道潰瘍：食道引起潰瘍的發病率為2%～54%，食道柱狀上皮受酸性消化液腐蝕後可以發生潰瘍，出現類似胃潰瘍的症狀，疼痛可放射至背部，並可引起穿孔、出血、浸潤、潰瘍癒合後發生狹窄，出現下嚥不暢的症狀。甚至可穿透主動脈導致大出血而迅速致死。
3、食道惡變食道中發生癌腫的發生率不甚確切，長期反流物進入Barrett食道可能起惡變作用。Barrett食道的柱狀上皮區內可以發生異型增生，有時低度異型增生不易與正常柱狀上皮區別，並可進展至浸潤癌。這些惡變的腫瘤系腺癌。Barrett食道的異型增生是癌前期狀況已為多數人公認。
4、食道狹窄：食道狹窄是Barrett食道最常見的併發症，發生率為15%～100%。狹窄部位多於食道中上段的鱗-柱狀上皮交界處，而胃食道反流引起的狹窄多位於食道下段。反流性食道炎的發生率為29%～82%。病變可單獨累及柱狀上皮，也可同時累及鱗狀和柱狀上皮。
