1、食道癌的病因之病毒炎症
實驗研究後發現，人乳頭瘤狀病毒可能為食道癌病因之一。其中HPV16型與食管鱗癌發生有關，而HPV18型則與食管腺癌有關，我國約半數食道癌患者體內有該病毒的基因。慢性返流性食管炎患者，尤其是巴瑞特食管症患者，因胃的內容物返流到食管，造成食管鱗狀上皮細胞被柱狀上皮所取代，在返流物的長期刺激下，容易演變為食道癌。
2、食道癌的病因之基因遺傳
林州(原名林縣)是我國的食道癌高發區之一，也是全球食道癌最高發地區。自1959年起，大批腫瘤醫學專家在林州開展了以預防食道癌為主的多項研究工作，發現林州食道癌有家族聚集現象，並有逐代顯性遺傳傾向。經過多年研究，發現林州存在一個人群頻率約19%的常染色體隱性基因，約有4%的人群在環境因子的作用下有易患食道癌的傾向。已知與食道癌有關的基因有粒線體基因、錯配修復基因hMLH1和hMSH 、血管細胞黏附分子-1(CD 106)、環氧化酶-2(COX -2)、乙醛脫氫酶2(ALDH2)、染色體13q33-q34的缺失等，這些基因和蛋白質的變異可能引致食道癌的發生和發展。
3、食道癌的病因之飲食吸菸酗酒
(1)熱燙飲食: 常進食熱燙的飲食，會引致食管黏膜發炎，是罹患食道癌的一個危險因素。
(2)亞硝胺: 亞硝胺類化合物是公認的致癌物，大量攝入醃漬、醃燻等含有亞硝酸鹽的食物，如酸菜、泡菜、鹹菜、鹹肉、鹹魚、香腸等， 會增加食道癌發生的危險性。
(3)食管損傷: 進食粗糙、堅硬食物可能引起食管黏膜損傷，常食粗硬的食物，反覆損傷可造成黏膜增生、間變，導致癌變。
(4)黴菌: 發黴變質的食物中含有大量串珠鐮刀菌，食用含有黴菌的食物，是致癌原因之一。
(5)長期吸菸和酗酒與食道癌的發病有密切關係，根據統計，吸菸和飲非烈性酒者患食道癌的機率比少吸菸飲酒者大3.88倍，而吸菸加飲烈性酒者發病率更比少吸菸飲酒者高6.3倍。
(6)營養和礦物質: 流行病學顯示，食道癌高發區的人普遍缺乏維生素A，B，C，E，核黃素、尼克酸、動物蛋白、脂肪、蛋類、新鮮蔬果等，
長期缺乏營養可增加患食道癌的風險; 此外，食道癌高發區水土中的鉬、硒、鈷、錳、鐵、鎳和鋅等微量元素的含量明顯偏低，提示缺乏這些礦物質亦會提高患病機率。
