腦癱治療計劃應以最大限度地改善患兒功能並提高其生活質量為目標，儘可能減少繼發性關節畸形和軟組織攣縮，儘量推遲或避免手術治療。常用的治療方法包括：
物理治療： 通過增加關節活動度，調整肌張力，提高運動控制能力、協調能力、力量和耐力等來改善運動功能，增強生活自理能力。常用的技術包括：體位性治療、軟組織牽伸、調整肌張力技術、功能性主動活動強化訓練、肌力和耐力訓練、平衡和協調控制、物理因子輔助治療(理療)等等。
作業治療： 作業治療主要包括手的精細功能訓練、日常生活活動能力訓練、支具和輔助具的製作及生活環境設施的簡單改造等等。
矯形器的應用： 在康復治療中常配合使用矯形器，以達到限制關節異常活動、提高穩定性、協助控制肌肉痙攣、保持肌肉長度、預防畸形、輔助改善運動功能等目的。矯形器的應用關鍵在於根據患兒的個體情況選擇最佳佩帶時期和類型，因此，應由康復醫師、治療師和矯形師共同商榷決定。
言語治療： 由醫師和言語治療師評定後，根據不同言語障礙類型進行治療，如下頜、口唇、舌肌、軟顎等運動控制訓練，以及理解和表達能力訓練。
心理行為治療： 腦癱患兒有時伴發異常的心理行為問題，如自閉、多動、情緒不穩等症狀。健康的家庭環境，增加與同齡兒交往，以及儘早進行心理行為干預是防治心理行為疾患的關鍵。
家庭訓練計劃： 治療師應為患兒及其家長制定家庭訓練計劃。該計劃重點應放在提高功能和防止繼發殘損方面，但是對於特別嚴重的患兒，易化護理及減輕家庭負擔應是主要目標。通常包括：對患兒病情的瞭解以及日常生活的安排;針對性的肌力和關節活動度訓練;痙攣肌的牽伸治療;功能性主動活動的強化訓練;輔助用具如矯形器、椅子、站立架及輪椅的使用等等。
特殊教育： 小兒康復治療還應包含針對不同智力水平的特殊教育，因此，建立融醫療、保育和教育為一體的機構，是為患兒提供全面的連續性服務的很好模式。
藥物治療： 常用的藥物有腦神經營養藥、肌肉鬆弛劑等。藥物治療只有在必要時才使用，它不能替代功能性訓練。大量研究和臨床實踐已證明：A型肉毒毒素肌肉注射是一種安全有效治療痙攣的方法。一般降低痙攣效果可維持3~8個月，此時應及時開展個體化的綜合性治療，如功能性肌力訓練、軟組織牽拉、佩帶矯形器等等，充分發揮肌張力減退帶來的最大康復機遇。注射後4~6個月痙攣會逐漸升高，但通常運動功能改善的效果不會消失，必要時可再次注射。
手術治療：幹細胞移植方式 根據病情選擇適宜的移植方式，腰椎穿刺術(鞘內注射)、腦室穿刺(立體定向移植)為主，也可採用靜脈輸入法。 由我科專業醫生根據具體情況制定個性化治療方案，確定療程。治療目的修復患者受損神經，使患者的各種功能障礙(語言障礙、運動障得等)得到恢復，提高生活、生存質量。 經過臨床實踐對比，通過立體定向導航將幹細胞直接注入到腦內特定的神經核團和病變部位效果較其他方法更有效。該方法不但創傷小，也符合神經解剖和生理的要求，手術的風險較低。
