附睪囊腫的治療用藥在臨床上多選用廣譜抗生素及對革蘭氏陰性菌效果較佳的抗生素。對於疼痛、發熱等全身症狀，應用解熱鎮痛藥對症處理。
如果附睪疼痛較重可請專科醫師予1%利多卡因10～20毫升由睪丸上端處行精索局部封閉，可起到止痛、解除墜脹作用。
如果附睪炎性包塊增大，陰囊皮膚紅腫且有波動感，形成膿腫則須行切開引流。因留置導尿管招致本病者，應拔除尿管。另外，急性期期間附睪囊腫的治療要避免性衝動和重體力活動，以免加重感染和症狀。對少數頑固病人且病情控制不理想，可行附睪甚至包括睪丸切除術。
黃連素或新黴素離子透入，附睪囊腫的治療單用抗生素往往治療效果滿意，如附睪炎反覆發作引起前列腺炎應在非發作期行輸精管結紮術，前列腺炎可治癒，有時也可行附睪切除術。
如果慢性附睪炎有多次反覆發作者，可考慮做附睪切除。值得重視的是，無論急性還是慢性附睪炎，如為雙側發生，均有導致不育的可能，故發生附睪炎應及時治療。
其實附睪囊腫發生之後對人體的健康造成一些不好的方面的，其中積極的治療才是最關鍵的，一些祖傳秘方也是能夠很好的治療附睪囊腫的，那麼祖傳治附睪囊腫的偏方希望上面介紹的治療辦法對患者有益。
