確切病因尚未明瞭，可能與以下因素有關。
1.輸卵管異常
慢性輸卵管炎可導致管腔皺褶粘連、管腔部分阻塞;闌尾炎、盆腔結核、腹膜炎及子宮內膜異位症可導致輸卵管周圍粘連、輸卵管扭曲和僵直，導致輸卵管狹窄、部分阻塞或者蠕動異常;盆腔腫瘤的牽拉和壓迫使輸卵管變得細長、迂曲或管腔部分阻塞、狹窄;輸卵管粘連分離術、再通術及傘端造口術後的重度粘連或手術部位瘢痕狹窄、輸卵管絕育術後瘻管形成或再通，均可延遲或者阻止受精卵進入宮腔，從而著床在輸卵管而發生輸卵管妊娠。此外，輸卵管發育不良時，輸卵管細長且迂曲，肌層發育差，黏膜纖毛缺乏，可影響受精卵的正常運行;輸卵管憩室或副傘等先天畸形亦可導致輸卵管妊娠。
2.受精卵遊走
卵子在一側輸卵管受精，經宮腔進入對側輸卵管後種植(受精卵內遊走);或遊走於腹腔內，被對側輸卵管拾揀(受精卵外遊走)，由於遊走時間較長，受精卵發育增大，故種植對側輸卵管而成輸卵管妊娠。
3.避孕失敗
宮內節育器(IUD)避孕失敗而受孕時發生輸卵管妊娠的幾率增大。使用低劑量孕激素避孕藥時，可使輸卵管蠕動異常，如排卵未被抑制，可發生輸卵管妊娠;使用含有大量雌激素的緊急避孕藥避孕失敗而受孕者，發生輸卵管妊娠的幾率也增大。
4.其他
接受輔助生育技術治療不孕也可以發生輸卵管妊娠。內分泌異常、精神緊張也可導致輸卵管蠕動異常或痙攣而發生輸卵管妊娠。
