1、肛結直腸併發症。長期的便秘可使腸道細菌發酵而產生的致癌物質刺激腸黏膜上皮細胞,導致異形增生,易誘發癌變。便秘引起肛周疾病如直腸炎、肛裂、痔等,因便秘,排便困難、糞便乾燥,可直接引起或加重肛門直腸疾患。較硬的糞塊阻塞腸腔使腸腔狹窄及壓迫盆腔周圍結構,阻礙了結腸蠕動,使直腸或結腸受壓而造成血液循環障礙,還可形成糞性潰瘍,嚴重者可引起腸穿孔。也可發生結腸憩室、腸梗阻、胃腸神經功能紊亂(如食慾不振、腹部脹滿、噯氣、口苦、肛門排氣多等。)
2、腸道外的併發症。如腦卒中、影響大腦功能 (記憶力下降 ,注意力分散 ,思維遲鈍)、性生活障礙等。在肝性腦病、乳腺疾病、阿爾茨海默病等疾病的發生中也有重要的作用。臨床上關於因便秘而用力增加腹壓,屏氣使勁排便造成的心血管疾病發作有逐年增多趨勢,如誘發心絞痛,心肌梗死發作。