1.肛門大腸併發症。長期便秘可使腸道內細菌發酵而產生的致癌物質刺激腸粘膜上皮細胞，造成異型增生，易誘發癌變。便秘引起肛周疾病，如直腸炎、肛裂、痔瘡等。由於便秘，排便困難和糞便乾燥可直接引起或加重肛門直腸疾病。較硬的糞塊阻塞腸腔使腸腔變窄，壓迫盆腔周圍的結構，阻礙結腸的蠕動，由於直腸或結腸受壓，造成血液循環障礙，還可形成糞便潰瘍，嚴重時可引起腸穿孔。還可能發生結腸憩室、腸梗阻、胃腸道神經紊亂（如食慾不振、腹脹、噯氣、口苦、肛門排氣多等）。
2.腸道以外的併發症。如中風，影響腦功能（記憶力下降，注意力分散，思維遲鈍），性生活障礙等。在肝性腦病、乳腺疾病和阿爾茨海默病等疾病的發生中也起著重要作用。因便秘而強行增加腹壓，憋氣使之排便的心血管疾病發作的臨床趨勢逐年上升，如誘發心絞痛、心肌梗塞發作。
