1、急性丙型肝炎：淤膽型肝炎的治療基本上同甲型肝炎。由於急性丙型肝炎易轉為慢性，因此應考慮抗病毒治療。
2、慢性丙型肝炎：在綜合治療的過程中，必須重視清除肝炎病毒。兒童期的慢性丙型肝炎如得不到有效的抗病毒治療，可能會惡化成肝硬化或肝癌，嚴重威脅身體健康。
抗病毒治療：在目前還缺乏理想的能徹底清除肝炎病毒的藥物的情況下，干擾素α(IFN-α)的應用於已經使一部分慢性肝炎病情緩解，甚至痊癒。
丙型肝炎干擾素治療：HCV基因組變異很大，宿主感染HCV後很難產生持久的保護性免疫，急性丙型肝炎的自限性約為50%，HCV感染後的慢性化幾率高達40%-60%。慢性活動性丙型肝炎，在組織中見到碎屑狀壞死與橋接樣壞死，則在平均50個月後約有50%發生肝硬化。丙型肝炎肝硬化後最終約1%將發生肝細胞肝癌(HCC)，重症丙型肝炎的生存率約46.2%，所以抗病毒治療是必需的。
