1.內在因素
(1)消化系統發育不成熟：嬰幼兒時期，胃酸及消化酶分泌不足，消化酶的活性較低，神經系統對胃腸道調節功能較差，不易適應食物的質和量，且生長髮育快，營養物質的需要相對較多，胃腸道負擔較大，消化功能經常處於緊張狀態，易發生消化功能紊亂。
(2)機體防禦功能較差：嬰幼兒時期免疫功能相對不夠成熟，血液中的免疫球蛋白和胃腸道SIgA均較低，胃腸屏障功能較弱，胃酸分泌量少，胃腸排空較快，對感染因素防禦功能差。另外，新生兒出生後尚未建立完善的腸道正常菌群，對侵入腸道的病原微生物拮抗能力弱，人工餵養者食物中缺乏母乳含有的大量免疫物質，且食物和食具汙染機會較多，腸道感染的發生率明顯高於母乳餵養兒。
(3)體液分佈特點：嬰兒細胞間質液較多，且水代謝旺盛，腎功能調節差，易發生體液紊亂。
2.感染因素
(1)腸道感染：主要由細菌和病毒引起,有：
①細菌：除法定傳染病外，有：
A.大腸埃希桿菌(Escherichia Coli，E.Coli)：按其致病機制分類為致病性大腸桿菌(Enteropathogenic E. Coli，EPEC)、產毒素性大腸埃希桿菌(Enterotoxinogenic E.Coli，ETEC)、侵襲性大腸埃希桿菌(Enteroinvasive E.Coli，EIEC)、出血性大腸埃希桿菌(Enterohenor-rhagic E.Coli，EHEC)、黏附性大腸埃希桿菌(Enteroadhesive E.Coli，EAEC)。
B.空腸彎曲菌(Campylobacter jejuni)。
C.耶爾森菌(Yersinia enterocolitica)。
D.其他：鼠傷寒沙門菌(Salmonella typhimurium)、變形桿菌(Proteus)、綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa)、克雷伯菌(Klebsiella)、金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、難辨梭狀芽孢桿菌(Clostridium difficile)等。
②病毒：
A.輪狀病毒(Human Rotavirus)，是引起嬰幼兒腹瀉的主要病原。
B.諾沃克病毒(Norwalk virus)。
C.腸道腺病毒(Adenovirus)。D.其他：星狀病毒(Astrovirus)、杯狀病毒(Calicivirus)、冠狀病毒(Corona virus)等。
③真菌和原蟲：真菌感染主要為白色念珠菌(Candida albicans)，一些原蟲的感染如藍氏賈第鞭毛蟲(Giardia lamblia)、結腸小袋蟲(Balantidiumcoli)、隱孢子蟲(cryptosporidium)、阿米巴原蟲(Entamocba hiltolytica)等。
(2)腸道外感染：小兒患上呼吸道感染、肺炎、腎盂腎炎、中耳炎、皮膚感染及其他急性感染性疾病時可伴有腹瀉，這是由於發熱及病原體毒素的影響，使消化功能紊亂，酶分泌減少，腸蠕動增加所致。
3.非感染因素 ：主要為飲食因素、氣候因素和過敏因素。餵養不當是引起腹瀉的主要原因之一。過多過早餵哺大量澱粉類、脂肪類食物，突然改變食物品種和斷奶等均可導致腹瀉。氣候的突然變化，使腸蠕動增加，消化酶和胃酸分泌減少，可誘發腹瀉。一些吸收不良綜合徵如乳糖不耐受症、糖原性腹瀉、先天性氯化物性腹瀉、遺傳性果糖不耐受症、胰腺囊性纖維性變、原發性腸吸收不良等都可引起腹瀉。牛奶蛋白過敏者，吃牛乳後48h發生水樣瀉。
