1.腸道內感染：
常言道“病從口入”，嬰兒，尤其是人工餵養的嬰兒，如奶具消毒不嚴，或食用的牛奶、白糖被汙染，而未很好的煮沸，食用後即可招致細菌與病毒的感染，引起腹瀉。夏秋季節，細菌病毒容易繁殖，牛奶、食品及奶具極易被汙染，因此發生腹瀉的機會較多。
2.腸道外感染：
消化道外器官受到感染也引起腹瀉。常見的有中耳炎、咽炎、泌尿系統感染、皮膚皮膚感染及其它急性傳染病等。由於發燒和致病微生物毒素影響，可使消化道的功能紊亂，引起腹瀉。
3.餵養不當：
餵養不當是引起腹瀉的常見原因之一，多見於人工餵養兒。凡餵食過多、過少、不定時餵養、食物成分不適宜、過早喂大量澱粉或脂類食物，以及突然改變食物的種類、性質或斷奶等，均可導致消化功能紊亂而產生腹瀉。個別嬰兒對牛奶或某些食物過敏或不耐受，餵食後也可發生腹瀉。
4.氣候影響：
氣候炎熱、出汗過多、消化酶及胃酸分泌減少，胃腸功能減低，影響食物消化。氣候轉變受涼，尤以腹部或尾骶部受涼後，可使腸蠕動增加，均可導致腹瀉。
5.精神因素：
小兒過度哭鬧、情緒緊張、情緒低落、使植物神經功能紊亂，引起消化腺分泌及胃腸運動功能失調而發生腹瀉。
