(一)抗原檢測
1.直接塗抹染色(DT)法 傳統的結膜刮片和宮頸拭子經姬姆薩或碘染色檢查上皮細胞漿內有無包涵體是衣原體檢查常用的篩選試驗，如果操作和標本採取得當，其特異性強，結果可靠，但敏感性差，尤其是碘染色，只能檢查含糖原的包涵體。
2.細胞培養法 用於衣原體培養者，常用經放線菌酮處理的單層McCoy細胞，經孵育後，用熒光標記的抗體，酶結合的單克隆抗體，碘或姬姆薩染色，胞漿中出現特徵性的包涵 體，即可考慮有衣原體的存在，本法的敏感性為80%～90%，由於細胞培養法費時費力，且條件和技術要求較高，不能作為臨床常規檢查方法，因此不適用於大 規模篩選及流行病學調查。
3.酶聯免疫吸附試驗(ELISA)ELISA是用來檢測臨床標本中衣原體抗原的一種有效方法，所用抗體多為衣原體屬脂多糖單克隆或多克隆抗體，特 異性強，本法對嬰兒結膜炎檢測的敏感性和特異性分別為88%和94%，鼻咽部感染檢出率和特異性分別為87%和92%，以此法檢測1529例生殖道標本， 並與培養法結果比較，其敏感性男性為91%，女性為88%;特異性均為99%，本法具有簡便快速的特點，適用於大量標本的檢測，但與細菌有交叉反應，可出 現假陽性，尤其是鼻咽部標本。
4.直接免疫熒光法(DFA) 本法簡便，快速，特異性好，敏感性和特異性隨標本部位及人群而異，新生兒結膜炎的陽性率達100%，(而組織培養為94%)鼻咽部標本的敏感性為85%， 特異性為75%，宮內膜和輸卵管等部位的標本較培養法敏感，它還用於精液，直腸及因運輸或保存不當使衣原體失活標本的檢測，用多克隆熒光抗體檢測可診斷衣 原體感染，但不能區別其類型，單克隆熒光抗體可直接定型，識別的是沙眼衣原體的原生小體，而非較大且少見的細胞內包涵體，熒光顯微鏡的質量和操作技術均可 影響結果，對操作熟練者來說，本法的敏感性和特異性至少和ELISA相同，DFA可代替細胞培養法，以篩選生殖道感染中等至高度流行的年輕人群及確診有症 狀的新生兒結膜炎。
5.斑點免疫結合法(DIBA)本法是以微孔薄膜作固相載體，吸附抗原後進行的抗原抗體反應，在膜上出現著色斑點為陽性結果，其敏感性為100%，特異性為92.4%，與細胞培養法比較，其符合率為96.7%，DIBA適用於大批量標本的檢測，但結果需3天。
6.核酸探針 隨著分子生物學技術的發展，DNA雜交技術已進入衣原體檢測領域，以82S標記7Md質粒製備的探針，檢出Ct的敏感性和特異性分別為91%和80%，用沙眼衣原體性病淋巴肉芽腫(LGV)-Ⅱ的質粒DNA和LGV-I的染色體DNA作探針，可特異性地檢測沙眼衣原體的15個血清型抗原，而與單純皰疹病 毒(HSV)，淋球菌等41種微生物無交叉反應，檢測範圍可達10～100pgDNA，用血清學，單克隆抗體及組織培養鑑定為陰性的某些標本，用DNA探 針檢測可得到陽性結果，用沙眼衣原體TE-55株全DNA製備分子探針，能特異性地檢出衣原體的15個血清型，該探針具有特異性高，敏感性強，完全有可能 用於衣原體的臨床診斷和分子流行病學調查，原位DNA雜交用於宮頸刮片和直腸活檢標本，其結果與培養相似，但也有認為，在生殖道標本檢測中，DNA探針不 夠敏感，特別是培養為弱陽性的標本。
7.聚合酶鏈反應(PCR)PCR是近年發展起來的新技術，能使核酸分子按幾何級數擴增，使樣品中極微量的核苷酸分子迅速地擴增，然後通過核酸分子 的檢測獲得極敏感的結果，PCR簡便快速，具有高度的敏感性和特異性，且可同時從標本中直接鑑定衣原體的種和型別，從7.5Kb質粒ORF-3選擇了一對 具有種特異性引物，經40次PCR循環，電泳檢測的靈敏度達10-17gDNA。
(二)抗體檢測 抗體檢測的價值不大，因生殖道感染無併發症者仍產生低滴度的抗體;約20%急性衣原體尿道炎患者不產生抗體;有人認為IgA意味著現症感染，但PID者可長期存在IgA，衣原體抗體檢測的常用方法有以下幾種。
1.補體結合試驗(CFT)適用於LGV，鸚鵡熱及肺炎衣原體感染的診斷，其敏感度較低，當效價≥1∶32提示為衣原體感染，但不能鑑別其種類，用於LGV的證實試驗，要求效價≥1∶64。
