1、痛經和持續下腹痛。痛經是子宮內膜異位症的典型症狀，且多隨局部病變加重而逐年加劇，疼痛多位於下腹部及腰骶部，可能放射至陰道、會陰、肛門或大腿，常於月經來潮前1—2日開始，經期第一日最劇，以後逐漸減輕，至月經乾淨時消失。疼痛的程度與病灶大小並不一定成正比，病變嚴重者如較大的卵巢子宮內膜異位囊腫可能疼痛較輕，而散在的盆腔腹膜上的小結節病灶反可導致劇烈痛經。少數晚期患者有長期下腹痛，至經期更劇。
2、月經失調。約15%的患者有經量增多或經期延長，少數可出現經前點滴出血。
3、不孕。正常婦女不孕率約為15%，子宮內膜異位症患者可高達40%。
4、性交痛。一般表現為深部性交痛，多見於直腸子宮凹陷有異位病灶或因病變導致子宮後傾固定的患者，且以月經來潮前性交痛更為明顯。
5、其他特殊症狀。少數患者可出現週期性(月經期)便血，尿急，尿頻，血尿，手術瘢痕上包塊的疼痛，此為內膜異位侵犯消化道、泌尿道及手術瘢痕等所引起。
雖然子宮內膜異位有千差萬別的臨床症狀，但其主要症狀是痛經、不孕和性交疼痛。這三個問題深入女性的日常生活，甚至影響婚姻質量，不可小覷。年輕女性，假如痛經很厲害，或月經異常，那麼就應該有所警惕，該檢查一下是不是由子宮內膜異位引起的，因為這種病就像青春痘一樣，防不勝防。
研究發現，子宮內膜異位有明顯的遺傳傾向，家裡有媽媽或姐妹患子宮內膜異位的女性，得這種疾病的機會比一般人高出7倍。因此，有媽媽或姐妹患嚴重痛經或疑患有子宮內膜異位症的女性，該主動去檢查，以利早期發現，掌握治療的先機。
