乙肝疫苗一般是安全的，一般情況下，打了乙肝疫苗後不會影響日常工作和生活，至今尚未見有關於注射後引起嚴重副作用的現象，只有少數人出現接種部位紅腫、硬結、疼痛，手臂酸重或發熱、噁心、嘔吐、乏力、皮疹等與一般疫苗接種大致相仿的輕微反應，多在1～3天內不治自愈。
另外，注射乙肝疫苗時需要注意：
1、乙肝、麻疹疫苗不可同時接種乙肝疫苗可以和流腦疫苗、脊髓灰質疫苗、乙腦疫苗同時接種，但是乙肝疫苗最好不要和麻疹疫苗同時使用;
2、注射過多價免疫球蛋白的小兒，6周內不應該接種麻疹疫苗;
3、患急性傳染病或其他慢性疾病者不能接種乙肝疫苗患有皮炎、化膿性皮膚病、嚴重溼疹的小兒不宜乙肝疫苗接種，等待病癒後方可進行乙肝疫苗接種;
4、患有嚴重心、肝、腎疾病和活動型結核病的小兒不宜乙肝疫苗接種;
5、神經系統包括腦、發育不正常，有腦炎後遺症、癲癇病的小兒不宜乙肝疫苗接種;
6、有腋下或淋巴結腫大的小兒不宜乙肝疫苗接種，應查明病因治癒後再乙肝疫苗接種;
7、有哮喘、蕁麻疹等過敏體質的小兒不宜乙肝疫苗接種;
8、有血清病、支氣管哮喘、過敏性蕁麻疹及對青黴素、磺胺等一些藥物過敏者，不宜乙肝疫苗接種;
9、發熱、體溫超過37.5℃應暫緩乙肝疫苗接種感冒、輕度低熱等一般性疾病視情況可暫緩乙肝疫苗接種;
10、免疫缺陷或正接受免疫抑制藥物治療的，不宜乙肝疫苗接種;
11、低體重、早產、剖腹產等非正常出生的新生兒，嚴重營養不良、嚴重佝僂病、先天性免疫缺陷的小兒不宜接種;
12、過敏性體質和孕婦不宜乙肝疫苗接種;
13、空腹飢餓時不宜預防接種。
