一、局部損傷：
小的結石，可以在尿路內自由活動，容易磨傷尿路粘膜引起出血、腎絞痛，但是這種局部損傷還是比較輕的。大的比較固定的或鹿角性的尿結石，雖然疼痛並不厲害，但可長期壓迫尿路粘膜，使上皮脫落、組織潰瘍，以至結石與輸尿管管壁形成粘連，嚴重的還可能引起癌變。
二、尿路梗阻：
腎、輸尿管結石最容易在腎盂輸尿管連接處，輸尿管跨過髂血管和輸尿管部位停留，引起尿路梗阻。尿路梗阻後，梗阻以上的輸尿管和腎盂就會擴張、積水，腎臟積水可分為輕度、中度和重度腎積水。腎積水時，腎臟實質受到擠壓，影響腎功能，如果腎積水長期沒有解決，可使整個腎臟功能喪失功能。要是雙側尿路都有梗阻的話，就會導致尿毒症。
三、尿路感染：
尿路感染長併發細菌感染，腎積水繼法感染後可形成腎積膿，嚴重的尿路感染還可能造成敗血病，威脅人的生命。另外，尿路感染又促進結石的形成，使原有的結石迅速增加。
