發生傳染性軟疣的原因是甚麼呢：
膚黏膜的損傷
平常的皮膚和黏膜是人體抵禦外來病原體感染的第一道防線，若有損傷，則易使微生物入侵。有些傳染性軟疣常發生於皮膚外傷、手術之後，有報道包皮環切術、包皮龜頭粘連分離術等創傷後可於該部位發生傳染性軟疣。
溫暖潮溼的環境
傳染性軟疣好發於生殖器及肛周，也可見於趾間、腋窩、乳房下褶皺、口腔等部位，這些部位多溫暖潮溼，利於人乳頭瘤病毒生長。
接觸病原體
感染性疾病，病原體的入侵是必要條件，入侵病毒數量越多則越容易造成感染。接觸途徑多種多樣，但感染幾率各不相同。
人群易感性
並非所有接觸足夠致病的人乳頭瘤病毒後都發生了傳染性軟疣。已有研究發現傳染性軟疣的易感免疫類型，此類人群具有先天的傳染性軟疣易感性。
免疫功能減退
當人體免疫狀態減退時，感染後發病幾率也隨之增加。器官移植及艾滋病毒感染者易發生傳染性軟疣可以佐證這一觀點。還有指出，特別是細胞免疫功能減退與本病發病密切相關。
