1、一般治療：小範圍淺表處皮膚黏膜的單純皰疹病損可僅採用局部用藥抗感染治療，對症狀較重，尤其重要臟器受累的患者則應給予全身性抗感染用藥及相應的對症支持治療，腸溶阿司匹林口服可用於皮膚黏膜皰疹部位疼痛顯著者，生殖器皰疹患病期間應禁止性生活，對某些患者而言，應與易感人群實行必要的隔離。
2、抗感染治療：淺表處的皰疹病損可以局部用藥，例如3%阿昔洛韋軟膏或0.5%碘苷 (idoxuridine)軟膏塗搽患部，疑有細菌性感染者，可外用金黴素或新黴素軟膏，中藥藤黃系藤黃科植物分泌的一種乾燥膠質樹脂，具有抗皰疹病毒，抗菌消炎，止痛收斂等作用，據報告，以30%藤黃酊1次/d或2次/d外搽患部，對於生殖器皰疹的淺表處病損有較好的療效，由於眼部皰疹可能造成嚴重後果，故應積極治療;採用0.1%碘苷滴眼液滴眼，1次/h，病情緩解後可延長給藥間歇， 病損面積較大者也可外用3%硼酸溼敷局部。
對病情較重者或局部用藥難於奏效者，應採用口服或注射途徑進行抗病毒藥物的全身性用藥：反覆發作的生殖器皰疹患者可口服阿昔洛韋200mg/次，5次/d，共7天;也可口服鹽酸伐昔洛韋300mg/次，2次/d，共7天，個別病例可能對阿昔洛韋過敏，應予注意。
伐昔洛韋口服後能迅速被吸收，在體內轉變為阿昔洛韋，其生物利用度是阿昔洛韋的3～4倍，因此，同等療效下可降低藥物用量，減少其不良反應，重症患者應靜脈滴注阿昔洛韋5mg/kg體重，1次/8h，共5～7天，用藥期間應多飲水，或在必要時予以靜脈補液，以避免阿昔洛韋在腎小管內析出結晶，導致腎損害。
亦可用更昔洛韋5mg/kg體重，緩慢靜脈滴注，1次/12h，共1～2周，更昔洛韋的不良反應相對較大，可能導致白細胞，血小板數量減少，故用藥期間， 應監測血象變化，由於伐昔洛韋是阿昔洛韋的L-纈氨酰酯，更昔洛韋是阿昔洛韋的衍生物，對阿昔洛韋過敏者，禁用此兩種藥物，此外，也可試用膦甲酸鈉，對於較重的患者，尚可聯合使用干擾素α。
上述藥物的作用靶點是病毒的DNA多聚酶，臨床上已發現一些毒株表現出不同程度的耐藥性，因此，目前正在開發針對不同靶點的抗病毒新藥。
