(一)一般治療
①注意飲食衛生，保持通風、避免吸入含有真菌孢子的塵埃。②嚴格掌握廣譜抗生素、激素和免疫抑制劑的用藥指針、劑量和療程，儘可能避免這些藥物的同時使用，對長期用藥者必須定期檢查有無真菌感染髮生。③積極治療原發病，加強護理和營養，補充維生素及微量元素，必要時可酌情予成分輸血。④可予大劑量丙球及轉移因子等加強支持治療。⑤對病灶侷限的患者可予外科手術治療。
(二)病原治療
1.皮膚黏膜念珠菌病的治療
全身用藥：氟康唑：每天l50mg.每週1—2次，共3～4次;伊曲康唑：每日200mg，共7～l0天;如無肝臟病變可用酮康唑，每天200mg，共7～10天。
局部用藥：口腔黏膜病變用20%龍膽紫液、制黴菌素溶液(每ml含20萬u)或制黴菌素甘油懸液(每ml含5000～10 000u)塗擦，每日3～4次。皮膚病灶用制黴菌素軟膏，酮康唑、克黴唑、咪康唑、特比萘芬等霜劑外擦。
念珠菌陰道炎可用制黴菌素陰道栓，每栓古制黴菌素5萬～10萬u，每晚一粒，連用1一2周。氟康唑陰道栓每晚一粒，連用3～7天。
2.消化道念珠菌病的治療
氟康唑為首選，每天200～400mg;其次為伊曲康唑;每日200mg，共7～10天;如無肝臟病變可用酮康唑，每天200～400mg，共10～14天。也可用制黴菌素，成人每天200～400萬u，分4次口服。連續一週。
3.肺念珠菌病的治療
氟康唑為首選，每天200mg口服或靜脈滴入;如病情嚴重伴發熱或肺部病變廣泛者，加至每天400mg，療程10～15天。如為耐藥菌株可改為伊曲康唑或伏立康唑，必要時應用兩性黴素B及其脂質體。
4.播散性念珠菌病的治療
病原菌多為白念珠菌。治療一般首選兩性黴素B靜脈滴注或氟康唑靜脈滴注或口服，重症病人與氟胞嘧啶聯合應用。兩性黴素B每日劑量0.3～1.0mg/kg，療程4周;氟胞嘧啶，每天150一200mg/kg;氟康唑每天400—800mg;療程一般為2周或臨床症狀消失後l周。不能耐受兩性黴素B或難治性感染病人，可選用兩性黴素B脂質體靜脈滴注，或伏立康唑靜脈滴注後再改為口服，療程4～8周或更長。
