念球菌病發病機理較複雜，受三方面因素影響。①機體方面：首先是細胞免疫缺損，表現在對念珠菌抗原皮試無反應性，體外受念珠菌抗原刺激後，淋巴細胞轉化率低下及巨噬細胞移動抑制因子合成減少或缺乏。其次是吞噬細胞數量減少，趨化性喪失，吞噬和殺菌能力下降。此外，髓過氧化酶缺乏、轉鐵蛋白降低和血清鐵升高，鋅離子缺乏、高血糖、維生素A缺乏和皮膚損傷等都能誘發念珠菌病。
②菌念珠菌病體方面：白念珠菌孢壁主要由糖原、甘露聚糖等組成，後者能加強白念珠菌的粘附能力，引起感染。實驗證明帶芽管的白念珠菌較單純芽孢粘附力為強。其次，白念珠菌在組織內常呈菌絲體，與孢子相比，不易被吞噬，因此其致病性增加，其他念珠菌形成菌絲能力弱，故致病力也弱。此外念珠菌還可能產生高分子量和低分子量毒素和一些水解酶，損傷機體組織，誘發感染。③醫源性方面：如廣譜抗生素、腎上腺皮質激素(激素)、免疫抑制劑、放療及化療的應用;導管、輸液(特別是腸外高營養療法)、手術(特別是胃腸道和人工瓣膜手術)、燒傷等都能降低機體防禦功能，或為病菌入侵創造條件而增加感染機會。
