一、細菌和毒素的感染
常以沙門菌屬和嗜鹽菌(副溶血弧菌)感染最常見，毒素以金黃色葡萄球菌常見，病毒亦可見到。常有集體發病或家庭多發的情況。如吃了被汙染的家禽、家畜的肉、魚;或吃了嗜鹽菌生長的蟹、螺等海產品及吃了被金黃色葡萄球菌汙染了的剩菜、剩飯等而誘發本病。
這些細菌廣泛存在於各種動物，如豬、牛、羊、狗、雞、鴨及鼠類的腸道內，當動物發病時，此類菌屬可以侵入其血流、內臟及肌肉組織，蛋類也常被此類菌所汙染。這些細菌通過接觸過該病原菌的器皿、手等再接觸熟食和涼拌菜等;就會在上面大量繁殖，併產生大量內毒素，人吃了這種食物後，由於細菌和內毒素的作用，刺激胃腸粘膜，引起粘膜的充血、水腫、腸液分泌增加，產生劇烈胃腸道反應。細菌和毒素入血，還可引起菌血症和毒血癥。
此外，副溶血弧菌(嗜鹽桿菌)也是較常見的致病菌，它廣泛存在於海產品中，如魚、蟹、海蜇，以及用鹽醃製的肉類、蛋類和鹹菜中，食後約10小時發病，主要也表現為噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉。金黃色葡萄球菌如果汙染了乳製品、蛋、肉類，在適當的環境下可大量繁殖，併產生耐熱性腸毒素，引起發病。引起急性胃腸炎的致病菌還有變形桿菌、致病性大腸桿菌等。真菌也可引起急性胃腸炎，但比較少見。
二、物理化學因素
1、因飲食不衛生，進食被致病細菌或病毒汙染過的食物，或是進食有毒的食物，一般稱為“食物中毒”。
2、由於大量飲酒或服入某些藥物，如水楊酸鈉、氯化銨、奎寧、碘劑、金黴素、毛地黃等，直接刺激胃粘膜甚至腸粘膜，造成急性胃腸炎，叫做“化學物質所致的急性胃(腸)炎”。
3、由於冷熱刺激，或暴飲暴食，使胃功能紊亂、胃的容受量突然增大，胃腸粘膜受到損害，節日後該種類型的急性胃腸炎最多見，稱為“物理因素所致的急性胃腸炎”。
三、急性胃腸炎併發疾病
脫水電解質不平衡、腸穿孔、敗血症
急性腸胃炎都是起因於食物，因此嚴把食物衛生關是預防此病的關鍵。搞好飲食、飲水衛生和糞便管理，大力消滅蒼蠅，是預防該病的根本措施。冰箱內的食品要生熟分開，進食前要重新燒熟燒透。飯前便後要洗手，蔬菜瓜果生吃前要消毒，外出度假要選擇乾淨衛生的飯店等都是應注意的有效預防措施。
