治療的目的是為了減輕臨床症狀及避免後遺症發生，同時應注意避免醫源性併發症的產生。
1.一般治療
脫離變應原是最為理想有效的治療手段。應儘量避免與可能的變應原接觸。如清除房間的破布及毛毯，注意床上衛生，使用殺蟲劑消滅房間的蟲蟎，在花粉傳播季節避免接觸草地、樹花等，停戴或更換優質的接觸鏡與護理液。眼瞼冷敷可以暫時緩解症狀。
2.藥物治療
(1)抗組胺藥 抗組胺藥通常局部使用，常用的滴眼液有 0.1%的依美斯汀、0.05%的Levocabastine、0.1% 的Olopatadine及0.5%的Ketorolac。如果有眼外症狀，可以口服使用，不過其效果不如局部用藥。常用口服藥物有苯海拉明、氯苯那敏、異丙嗪等。抗組胺藥與血管收縮劑聯合使用，往往可以取得更好的治療效果如潤潔那素達等。
(2)肥大細胞穩定劑 常用的有色甘酸二鈉及奈多羅米等。肥大細胞穩定劑的總體治療效果雖不及抗組胺藥，但其對抑制流淚似乎更有效。最好在接觸過敏原之前使用。
(3)非甾體類抗炎藥 在過敏性疾病發作的急性階段及間歇階段均可使用，對緩解眼癢、結膜充血、流淚等眼部症狀及體徵均顯示出一定的治療效果，它還可以減少激素的使用劑量，常用的有吲哚美辛(雙氯芬酸鈉)、阿司匹林等。
(4)血管收縮劑 局部使用的常用藥物有腎上腺素萘甲唑林、羥甲唑林、四氫唑林等，可改善眼部不適，減輕眼表充血。
(5)糖皮質激素 嚴重的過敏性結膜炎使用其他藥物治療無效時才考慮使用，且使用時間不宜太長，以免引起白內障、青光眼單胞病毒感染、真菌感染及角膜上皮癒合延遲等併發症。常用的有地塞米松、倍他米松及氟米龍等。
(6)免疫抑制劑 主要有環孢黴素A及FK506對於一些嚴重的需要使用激素的春季角結膜炎病例，局部應用2%的環孢黴素A可以很快控制局部炎症及減少激素的使用量。但是，在停藥後易復發。
3.脫敏治療
此法主要用於季節性過敏性結膜炎，對於其他亞型的過敏性結膜炎，其治療效果往往並不理想，因而很少採用。
4.冷凍療法
此法主要用於春季角結膜炎。冷凍治療常用於上瞼結膜，將溫度降至-80℃～-30℃，持續30秒。冷凍治療可以重複使用2～3次。
5.心理治療
眼過敏性疾病是一種急性或慢性的反覆發作性疾病，徹底根治常常非常困難。因此對一些患者造成較大的心理壓力。特別是一些春季角結膜炎的患兒，可能會出現一定的心理障礙，應加以注意。
