1、急性細菌性前列腺炎的鑑別診斷
(1)急性腎盂腎炎：也表現為急性的畏寒、發熱，伴尿頻、尿急和尿痛。通常還表現為患側腰痠、腰痛;而非恥骨上、會陰部疼痛，且無排尿困難。直腸指檢無前列腺壓痛，前列腺液檢查正常。
(2)膿腎：也表現為急性的畏寒、發熱，伴尿頻、尿急和尿痛。還表現為明顯的患側腰痛;而無恥骨上、會陰部疼痛，無排尿困難，直腸指檢無前列腺壓痛。前列腺液檢查正常。
(3)前列腺膿腫：也表現為急性的畏寒、發熱.伴尿頻、尿急和尿痛，是急性前列腺炎發展的結果。經直腸B超、CT檢查可見前列腺內有液性佔位，穿刺抽出膿液可以明確診斷。
2、慢性細菌性前列腺炎的鑑別診斷
(1)前列腺癌：晚期也表現為排尿不適，可有尿頻、尿急、排尿困難。直腸指檢發現前列腺質地較硬，可有結節;血清PSA明顯升高，經直腸B超可見前列腺內有不均質光團，前列腺穿刺活檢可確診。
(2)前列腺結核：也表現為尿頻、尿急、尿痛伴尿道滴液，有下腹及會陰部疼痛。通常有泌尿生殖繫結核病史，直腸指檢可發現前列腺有不規則的結節，前列腺液中可找到抗酸桿菌。
(3)慢性無菌性前列腺炎：也表現為尿頻伴尿道滴液，有下腹及會陰部疼痛。兩者主要根據VB1、EPS、VB3的細菌培養進行鑑別，無菌性前列腺炎的VB1、EPS、VB3的細菌培養均為陰性。
(4)前列腺增生症：也表現為尿頻伴排尿不暢。多發生於老年男性，以排尿不暢為主，直腸指檢發現前列腺明顯增大，而前列腺液常規一般無白細胞。
(5)精囊炎：也表現為尿頻、尿急、尿痛伴尿道滴液，有下腹及會陰部疼痛。常有血精，且精囊液檢查可見紅細胞和白細胞。
(6)慢性膀胱炎：也表現為尿頻、尿急、尿痛伴有下腹及會陰部疼痛。VBl、VB3均可見白細胞，培養有細菌生長，但EPS檢查正常。
3、非細菌性前列腺炎的鑑別診斷
慢性膀胱炎：也表現為尿頻、尿急、尿痛伴下腹及會陰部疼痛。但慢性膀胱炎VB1、VB3的細菌培養為陽性，而EPS無細菌生長。
慢性尿道炎：也表現為尿頻、尿急、尿痛。VB1的細菌培養為陽性，而VB3、EPS的細菌培養無細菌生長。
4、前列腺痛的鑑別診斷
目前對前列腺痛的診斷主要是排他性診斷。即病人出現前列腺炎的類似症狀，但做前列腺液檢查無炎症細胞，前列腺液培養亦無細菌生長，而且患者沒有尿頻、尿急、尿痛等尿路感染的表現，即可診斷為前列腺痛。
