化膿性腮腺炎與流腮均表現為發熱及腮腺腫大，故臨床上要注意兩病的鑑別，其鑑別要點簡要介紹於下。
(1)病原：化膿性腮腺炎為細菌感染引起的腮腺化膿性炎症。常見病原菌有鏈球菌、金黃色葡萄球菌、細球菌等;偶可見厭氧菌。而流腮為流腮病毒感染引起。
(2)發病季節及年齡：化膿性腮腺炎一年四季均可發生，無規律性，可發生於任何年齡。流腮以冬春季為發病高峰季節，兒童發病率高。
(3)腮腺局部情況：化膿性腮腺炎多為單側。少數為雙側。其腮腺腫大速度不似流腮那麼快、而且與感染輕重程度呈平行，腮腺早期質較硬，局部疼痛及觸痛較明顯，局部皮膚髮紅、發熱，晚期腫大腮腺可有波動感。流腮腮腺質韌，可有輕壓痛，局部皮膚不紅。
(4)兩病腮腺管口均可有紅腫，而以化膿性腮腺炎為明顯。壓迫腮腺時。化膿性腮腺炎可見腮腺管口有膿液溢出。
(5)周圍血象：化膿性腮腺炎可見白細胞總數增高，分類個性核白細胞比例明顯增高。
(6)細菌培養：化膿性腮腺炎時腮腺管口引流培養，可培養出致病菌。
(7)治療效果：化膿性腮腺炎時，抗生素治療有效，而抗生素對流腮無效。
