1、細菌的直接檢查 用培養、PCR、組織學方法直接檢測胃黏膜內的Hp。
(1)培養法：通過胃鏡鉗取胃竇黏膜作Hp培養是最精確的診斷方法，可作為驗證其他診斷性試驗的金標準。此外，還可提供細菌的藥物敏感試驗，指導臨床選用藥物，尤其是治療失敗者或生活在Hp耐藥性很高的國家與地區。Hp培養法特點是特異性高，但敏感性居中，操作技術難，耗費時間較長，培養需3～6天，即使是有經驗的實驗師操作，培養成功率也僅達75%～95%。影響Hp生長，造成假陰性結果的因素有許多，如培養標本不含Hp;胃鏡檢查時吞嚥表面麻醉劑;活檢鉗汙染;或最近使用過抗生素或鉍劑，這些均能抑制細菌生長。此外標本接種時間與分離培養基是否新鮮也有關。
最近報道從人的糞便中也可培養出Hp，但需在微氧的環境下離心，濃縮細菌而獲得，因為目前只能在50%Hp定植患者的糞便中檢出，所以對此非侵襲方法尚需作進一步研究。
(2)組織切片法：另一種Hp的直接檢查法，能提供組織形態學的信息，因為Hp定居在人胃黏液的黏液下層，上皮細胞表面，正常情況下該部位不存在其他細菌，因此根據在組織切片上的形態特點和分佈特徵 (在胃黏液和胃腔之間存在螺旋桿菌狀物)，即可診斷Hp感染，是較可靠的方法。組織學檢查特點是敏感性高，可同時做病理檢查，並可永久保存資料。染色方法很多，包括HE染色、Gram染色、碳酸復紅染色、W-S(Warthin-Starry)染色、Giemsa(吉姆薩)染色等。革蘭染色，因檢出率低幾乎已不用;標準HE染色能檢出Hp，但也不是可靠的方法，W-S銀染是很好的技術，儘管價格和技術要求高，由於檢測有效，臨床應用較為普遍，吉姆薩染色費用較少，一些作者認為此方法在質量上與W-S銀染相等。
除常規的組織學檢查外，還有免疫化學和免疫熒光方法，但需使用免疫熒光鏡和免疫抗體，使檢查變得更昂貴，且又不能提供常規組織學發現以外的信息，因而不能常規使用，多用於實驗室研究。
(3)直接塗片染色：用相差顯微鏡直接檢查塗於玻片上的胃黏液中Hp。可用吖啶橙染色、革蘭染色、Giemsa染色。
(4)PCR(聚合酶聯反應)：PCR是檢測Hp是否存在另一種方法，特點是即能快速檢測到新鮮胃黏液標本中的Hp，也能檢測石蠟包埋的活檢樣本。PCR的引物對所有Hp菌株是特異的，故具有高度特異性。和快速尿素酶、培養法和組織學比較，PCR又具有高度敏感性。但一些隱匿的因素能影響此高度的敏感性和特異性，如內鏡和活檢鉗清洗、消毒不嚴導致DNA汙染，使特異性降低，使敏感性降低的因素有細菌在胃黏膜的斑塊狀定植或PCR抑制因素的存在。PCR可用於Hp感染的臨床診斷，流行病學調查，Hp的分子遺傳學研究。
