由於賁門的解剖特點不似食管發生癌後很容易產生梗阻。賁門區的癌初起時體積小，不易造成梗阻，缺乏明確的特徵性症狀。如果出現吞嚥困難，癌瘤必定已經相當進展。賁門癌的症狀包括上腹部不適，輕度食後飽脹，消化不良，或心窩部隱痛等，症狀無特異性，引不起病人的重視，一直到吞嚥困難加重，始促使病人就醫。賁門癌另一始發症狀是上消化道出血，表現為嘔血或柏油便，出血嚴重者可伴有虛脫或休克，或表現為重度貧血，此情況的發生率約佔病人的5%。由於缺乏哽噎症狀，易被誤診為潰瘍出血。晚期病例累及胰腺等腹膜後組織可出現上腹和腰背的持續隱痛。
早期賁門癌病人並無陽性體徵，中晚期病人可見貧血貌、低蛋白血癥、消瘦、脫水或低蛋白性水腫。如果腹部出現包塊、肝大、腹水徵、盆腔腫物。
