(1)出血：會壓迫氣管。導致呼吸困難。故手術後要隨時觀察病人呼吸與傷口滲血的情況，如有呼吸困難加上引流管出血嚴重及任何突發性的頸部腫脹。必須緊急打開傷口。
(2)氣管軟骨軟化：因腫瘤長期壓迫氣管使氣管鬆軟，曲於周圍組織之支持不致塌陷。在切除甲狀腺後，由於甲狀腺及周圍組織無法支持軟化的氣管，加上由吸氣所產生負壓使氣管塌陷而造成呼吸困難。可放置氣管插管支撐，等氣管恢復堅固後再拔除。
(3)咽喉水腫：會產生呼吸困難，首要排除術後出血。氮管軟骨軟化與聲帶麻痺。如是咽喉水腫造成者可用吸入蒸氣治療。
(4)聲帶麻痺：大部份是因為手術時傷及喉返神經引起。但亦有部份原因不詳。有很多聲帶麻痺者，會在三到六個月內逐漸適應或恢復，而使症狀改善消失，因此，通常麻痺發生後先觀察三到六個月，仍然有明顯症狀再考慮治療。
(5)副甲狀腺功能過低：病人會手腳發麻以至痙攣。大部份是因為副甲狀腺的血管受到損傷所造成，引起暫時性功能過低。多半短時間內可以恢復。治療方式，靜脈滴注鈣劑，症狀緩解後改為口服鈣劑，嚴重者並輔以維他命D2等。
(6)甲狀腺風暴：臨床上有高燒，心搏過速，心率不整，心臟衰竭。煩燥不安，顫抖，噁心，嘔吐，腹瀉，昏迷，血壓降低，甚至死亡等症狀。
