1.病原性治療
病毒性腸炎通常不需要病原性治療，可以自愈。對於細菌性腸炎，最好根據細菌藥物敏感試驗的結果選擇抗菌藥物。對於細菌性痢疾，由於痢疾桿菌對常用抗菌藥物廣泛耐藥，一般可選用複方磺胺甲噁唑（複方新諾明）、嘧黴胺、慶大黴素、丁胺卡那黴素等。空腸彎曲菌腸炎可以用紅黴素、慶大黴素、氯黴素等治療。耶爾森氏菌腸炎通常用慶大黴素、卡那黴素、磺胺甲噁唑、四環素和氯黴素治療。沙門氏菌腸炎的輕症病例可以不使用抗菌素，重症病例可以使用氯黴素或複方磺胺甲噁唑治療。侵襲性大腸桿菌腸炎可以用新黴素、粘菌素和慶大黴素治療，效果良好。由阿米巴痢疾、鼠疫耶爾森菌和毛滴蟲引起的腸炎可以用甲硝唑（Methotrexate）治療。血吸蟲病可以用吡喹酮治療。白色念珠菌性腸炎用支原體口服液治療效果更好。有系統性真菌感染者用苯海拉明B治療。
2.對症治療
補充液體，糾正電解質和酸中毒。對於輕度脫水和不太嚴重的嘔吐，可給予口服補液。WHO推薦的口服液配方是氯化鈉、碳酸氫鈉、氯化鉀、葡萄糖或蔗糖加水。如果脫水或嘔吐嚴重，可以靜脈注射生理鹽水、等滲碳酸氫鈉和氯化鉀溶液，以及葡萄糖。
減少腸道運動和分泌的藥物。可少量應用阿托品、顛茄和丙磺舒，以減少腸道蠕動，並可緩解疼痛和腹瀉。也可應用氯丙嗪，它具有鎮靜作用，可抑制腸毒素引起的腸粘膜過度分泌，導致糞便的數量和體積減少。
