男性不育的治療要針對病因、不育的時間、年齡和患者自己的選擇決定。同時，配偶也需要進行檢查或者治療，有時候只需要對不育的男性患者的配偶進行治療就能受孕。主要治療方式包括：
抗感染
血常規提示感染者需要抗感染治療，但感染治癒不等於不育治癒了。
對性生活問題的治療
如勃起功能障礙和射精功能障礙等的治療有助於治療不育。
激素治療
雄激素水平高或低的患者就需要調整雄激素水平至正常。
手術
如精索靜脈曲張或輸精管梗阻需要手術解決。
輔助生殖技術
對重度睪丸精子生成功能障礙，常規治療不能改善，或睪丸精子生成功能良好但輸精管道缺損或堵塞、逆行射精而常規治療不能改善的患者可採用體外受精等輔助生殖技術受孕。
