1、腔道出血 嘔血、便血最為常見，腹腔出血、鼻腔和陰道出血等均較常見。
2、中樞神經系統併發症 包括髮病早期因病毒侵犯中樞神經而引起腦炎和腦膜炎，休克期和少尿期因休克、凝血功能障礙、電解質紊亂和高血容量綜合徵等引起的腦水腫，高血壓腦病和顱內出血等，可出現頭痛、嘔吐、神志意識障礙、抽搐、呼吸節律改變或偏癱等。
3、肺水腫 是本病常見的合併症，肺臟內血管與組織之間液體交換功能紊亂所致的肺含水量增加本病可嚴重影響呼吸功能，是臨床上較常見的急性呼吸衰竭的病因。
主要臨床表現為極度呼吸困難，端坐呼吸，紫紺，大汗淋漓，陣發性咳嗽伴大量白色或粉紅色泡沫痰，雙肺佈滿對稱性溼囉音，X線胸片可見兩肺蝶形片狀模糊陰影，晚期可出現休克甚至死亡。動脈血氣分析早期可有低O2、低CO2分壓、嚴重缺O2、CO2 瀦留及混合性酸中毒。
急性呼吸窘迫綜合徵(ARDS)，這是肺毛細血管損傷，通透性增高使肺間質大量滲液，此外肺內微小血管的血栓形成和肺泡表面活性物質生成減少均能促成ARDS。臨床表現為呼吸急促，30～40次/min。早期沒有明顯發紺和肺部囉音，中期可出現發紺，肺都可聞及支氣管呼吸音和乾溼囉音。X線胸片，可見雙側斑點狀或片狀陰影，肺野外帶陰影濃，而邊緣薄，呈毛玻璃樣。血氣分析動脈氧分壓(Pa02)降低至8.0kPa(60mmHg)以下，並進行性降低。肺泡動脈分壓明顯增高，達4.0kPa(30mmHg)以上。常見於休克期和少尿期。常於發病第2～6天內因呼吸窘迫導致急性呼吸衰竭而死亡。
4、心臟損害 漢坦病毒能侵犯心肌，而引起心肌損害，臨床上常見為心動過緩和心律失常。
心力衰竭：由於高血容量綜合徵、肺水腫等使心肌負擔過重。
5、肝損害是病毒損害肝臟所致。4%～60%患者ALT升高，少數患者出現黃疸或明顯肝功能損害，肝損害以SEOV感染多見。
6、胸腔積液和肺不張普馬拉病毒引起的出血熱多見，Kanerva對125例PUUV引起的HFRS患者進行檢查，發現28%的患者存在胸膜積液或肺不張，而肺水腫罕見。這些患者均有較明顯的低蛋白血癥，因而認為毛細血管漏出及炎症可能是肺部異常的原因。
