中醫治療分為：
內服治療和外用治療，獨特的中醫配方（內服+外用），內服治療主要是由內而外逐步清除骨組織中的細菌，清除過程比較緩慢，在沒有竇道的患者，即。即硬化性骨髓炎患者，治療過程更慢，治療時間在3~4個療程左右；但如果患者有竇道，則治療過程要短一些，治療時間在2~3個療程左右。
在治療過程中，病人的竇道口會逐漸變小，分泌物會逐漸減少，並隨著骨質細菌的逐漸減少而變薄。在治療過程中，病人可能會有傷口癒合的錯覺。這種現象一般發生在治療的6個月左右，隨著治療時間的延長，病變骨骼的分泌物在體內重新積累，積累到一定時間後，傷口會再次潰爛。患處的臨床表現是疼痛和不舒服。
有時這種現象會出現2至3次。這就是為甚麼我在治療的前6個月不允許病人的鼻竇口關閉的原因。使用外用草藥實際上是一種外用藥物，在治療過程中始終保持大都市開口的狀態。中藥的特點是治療時間長，但它的優點是由內而外治療，治療徹底，沒有細菌抗藥性。治癒後，不會復發。
西醫治療也分為內服和外用：
內服治療主要是使用各種抗生素，短期內效果很好，但隨著使用時間達到3周，細菌逐漸產生耐藥性，所以要經常更換抗生素。外部治療主要包括各種清創、換藥、封閉引流或VSD負壓引流等從外到內的治療。這種方法的優點主要是在很短的時間內既能清除壞死的軟組織，又能清除病變的骨組織。大量的病變骨組織被清除後，只有少量的細菌存在於骨內（很難清除），隨著抗生素的應用，少量的細菌被進一步抑制（但不能完全殺死），在沒有病變骨分泌物的刺激下，傷口一般在2～3周內癒合。
這時，西醫就成了臨床上的治療手段。癒合後，建議口服一定時期的抗生素。事實上，體內的細菌並沒有被完全殺死，當病人身體虛弱時，細菌就會回來，患處會重新形成竇道。傷口再次被清理，骨頭被刮掉，又會癒合。一般虛弱的骨髓炎患者一生中可能要做2到3次手術，但最終西醫會放棄清創治療，建議截肢或尋求中醫治療。主要原因應該是骨頭已經所剩無幾了。當然比較健壯的病人通常復發的時間比較長，有20~30年復發的。也有4~5年復發的。
