1、高位瘻管未處理
由於高位肛瘻涉及肛直環，擔心手術切開或掛線後，導致便失禁，所以常常只切開齒線下的瘻管，深向直腸腔的瘻管未予處理。這是筆者在臨床上遇到復發病例最多的一種情況。向上的這段瘻管無論如何換藥，就是反覆感染，往往再次手術方法不當，術後還是復發。
2、方法不當
有些手術方法目前還處於探索階段，效果不確定，術後復發的可能性要大。
PPH是治痔瘡的，怎麼會用來治療肛瘻，術者的解釋是封閉內口。三次手術失敗後，術者讓患者不要吃飯，說不吃就不拉，不拉內口就不會感染，這樣也許能好。但最終的結果是不得不再做第四次手術。
3、內口定位錯誤
內口是肛瘻的感染源，腸腔的致病菌正是從內口進入肛周才引起肛周膿腫和肛瘻的，一般位於肛門內3～4cm處的直腸和肛管交界處。外口是感染病灶的潰破口，多數在肛緣外，也有少數在肛內。肛瘻手術的成敗最重要的因素在於準確定位內口和充分切開內口。
肛瘻外口多是顯性的，內口則90%以上是隱性的。臨床上尋找內口的最主要方法是從瘻管內探查或指診觸摸。由於很多肛瘻遷延日久，瘻管內反覆感染形成粘連而堵塞不通，就無法通過探查和造影的方法來尋找。對於瘻管彎曲、多外口的複雜瘻同樣也無法探查。如果沒有一定的臨床經驗，沒有掌握肛瘻內口的形成規律，往往在術中只切開了部分瘻管，真正的內口仍存，導致術後復發。
4、掛線術盲目人為製造內口
掛線術是中醫傳統療法，也是目前臨床治療肛瘻採用的最主要方法，其原理是利用膠線的彈力收縮，慢性勒割管壁，敞開瘻管而起到治療作用。但我們發現掛線術不僅存在痛苦大、癒合時間長、對肛門括約肌損傷重等缺點外，還有相當高的複發率。
