第一種策略：以免疫為基礎的干擾素alfa治療，經過有限的療程（6-12個月，少數可用到18個月），達到停藥後的持久應答，HBeAg消失，同時Anti-HBe轉陽的持久血清學轉換；少數病人還有可能獲得HBsAg消失，Anti-HBs轉陽的真正治癒，這雖然要靠些運氣，不能做為主要目標，但有少數人的確可以達到。
第二種策略：用核苷類似物，長期服藥，達到用藥期間的維持應答（這意味著核苷類似物一旦開始就不能輕易停藥，更不能沒有經過醫生的允許私自停藥，否則有肝功能惡化的危險。核苷類似物一旦開始，就要無限期的應用下去，停藥後多數會復發。HBV DNA反彈到比治療前還要高的水平）。但長期用藥又帶來另外一個嚴重的問題，就是病毒的變異。目前，有越來越多的臨床研究表明，病毒變異後，肝臟炎症和纖維化重新活動，少數病人甚至出現肝功能惡化。
除非有干擾素的禁忌症，不能使用干擾素。如精神病史或家族精神病史、嚴重的抑鬱症、對干擾素或干擾素中的某種成份過敏、懷孕、嚴重的自身免疫性疾病、肝硬化失代償（即出現肝硬化的症狀如腹水等）、白細胞或血小板太低等。否則，只要病人ALT升高、HBV DNA陽性，沒有黃疸，已經進入免疫清除期，就應該首先考慮干擾素alfa治療。這是目前國內佔絕對多數的乙肝專家的觀點，是中國的肝病學家經過多年的經驗和教訓得出來的結論，是在總結拉米夫定多年濫用後，從很多失敗、甚至死亡的病例中總結出來的結論。
早在1998年，拉米夫定上市時，由於其口服方便，血清HBV DNA降低快的特點，國內的醫生和病人對它沒有經驗，缺乏足夠的認識，一時間拉米夫定賣瘋了。甚至一些大小藥店都在賣這種本該在醫院才可以的處方藥。更有基層的小醫院，連脂肪肝、丙肝等毫不相干的肝病都用上了拉米夫定。好象拉米夫定就是治療肝病的神藥一樣。可見當時拉米夫定的濫用情況有多麼嚴重。
時間到了2000年，香港的Nance Leung報道了拉米夫定停藥後肝功惡化，肝壞死，病人死亡的病例。此後，在國內出現多例由於拉米夫定停藥不當致肝壞死和肝功能惡化的報道。到這時，肝病醫生們才明白這是個甚麼藥，並不象他們想象的那麼神奇。這種藥不僅不能治癒乙肝，反而帶來長期用藥後各種麻煩。病毒變異的發生率不斷出現，停藥後病情加重的病人越來越多。成都、上海、杭州等地相繼出現病人由於停用拉米夫定後致人死亡狀告葛蘭素公司的案件。在經過了近8年以後，中國的肝病醫生終於明白，不能再濫用核苷類似物類藥物。不僅僅是拉米夫定，所有的核苷類似物都要慎用。不管新的核苷類似物藥的降低HBV DNA的能力多強，血清HBV DNA轉陰的速度多快，停藥後多數還是要復發。而長期用藥多數將在不同的時間出現變異和耐藥。
中國人慢性乙肝的治療具有長期性、艱鉅性和複雜性的特點。這主要是由於多數中國人慢性乙肝是母嬰垂直傳播，病人在出生或者很小的時候就感染了，處在非常強的免疫耐受狀態，在10-20年，甚至更長的時間裡，病人都處在免疫耐受期，自身的免疫系統對乙肝病毒沒有免疫反應。對於在體內生存了個麼久的乙肝病毒，機體對它又沒有免疫識別和清除，很難想象我們能通過甚麼神奇的方法，在短期內將病毒全部殲滅，全部從體內清除。必須有長期與病毒做戰的思想準備，絕不能急於求成。這正發我們平常經常說的一句話，冰凍三尺非一日之寒，而解凍凍久的堅冰也不能一蹴而就。
中國人乙肝治療困難的另一個原因是中國的乙肝以C型乙肝為主，在上海可能佔到70％左右，根據目前在全球範圍內對乙肝的認識，C型和D型乙肝治療要比B型和A型困難得多。
乙肝治療的長期性和艱鉅性決定了無論是肝病醫生，還是乙肝病人自己都要認真地對待，一定要有策略上的思考，然後再做決定。因為，一個決定做出後，這個決定所帶來的結果不是一天、兩天就能看到，而是要一年、兩年甚至更長時間才能看到。這樣漫長、耗時、耗力、耗財的“任務”，怎能輕易下決定！這就是為甚麼乙肝專家們在決定選擇哪種藥物時提出了乙肝治療的兩種策略。這不是我的創造，而是國內知名的學者和專家們多年結驗的總結，國內最主流專家學者們的共識。
這裡要說明一下，上面的兩種策略主要針開始治療階段，在初始治療時，如果能用干擾素，就儘量不用核苷類似物。但從總體抗病毒上，兩種策略不是對立和矛盾的，臨床上如果應用得好，應該是互補的。畢竟還有很多幹擾素治療也無效的病人。
干擾素與核苷類似物有著本質的區別，作用的原理完全不同。有時醫生會根據病人的不同情況，採取干擾素與核苷類似物的不同的組合方式，以達到最大程度地控制病毒。但對於如何進行組合就更加複雜，每個人都可能有不同的觀點，這就是為甚麼病人從一家醫院到另一家醫院，從一個醫生換另一個醫生，會有完全不同的治療方案，甚至完全相反的方案。經常弄得乙肝病人摸不著頭腦。
為甚麼現在用核苷類似物的病人這麼多呢？
一個最主要的原因是核苷類似物，如拉米夫定、阿德福韋、恩替卡韋等通過口服給藥，服藥期間副作用比干擾素少。
第二個原因是核苷類似物除拉米夫定外，多數是新藥，醫生和病人都比較有興趣，容易引起醫生和病人的注意力。
還有一個更重要的原因，是核苷類似物降低血清的HBV DNA的速度快，病人用藥後很快血清裡面的HBV DNA就轉陰了。這種HBV DNA暫時、快速轉陰，對醫生和病人都有很強的吸引力。
最後，就是核苷類似物一年的藥費相對干擾素，尤其是進口的干擾素要便宜。由於這些原因，很多不明真相的病人輕易就做出了首先選擇核苷類似物的決定，而沒有考慮到一年、二年、三年以後會怎麼樣。沒有考慮一旦用上核苷類似物是不能輕易停藥的，否則可能帶來嚴重後果。沒有考慮長期用核苷類似物的變異和停藥後的復發問題。如果醫生沒有耐心或沒有很多時間向病人解釋，病人很難區分這兩種藥物到底應該首選哪一個？
干擾素是人體內針對病毒感染產生的多功能的蛋白質，具有抗病毒、增強乙肝特異性免疫和抗纖維化等多種功能。雖然干擾素的直接抗病毒力較弱，但其提高機體識別乙肝病毒，增強針對乙肝病毒的特異性免疫功能對達到停藥後的持久應答致關重要。相比這下，核苷類似物只能暫時抑制細胞漿內的HBV DNA的合成，不是通過免疫起作用，所以，無論它對血清的HBV DNA降得多快，都不能從根本上長期控制病毒，必須長期服藥，達到服藥期間的維持應答，停藥後多數要復發，前功盡棄。但長期用藥的最大問題是病毒的變異和耐藥。
明白兩種藥物的作用機理後，就不難明白為甚麼能用干擾素一定要首選選擇干擾素，只有干擾素不能用，或者多次治療失敗後再考慮核苷類似物。核苷類似物雖然可以取得暫時的HBV DNA下降快或者消失，而且新的恩替卡韋降病毒的速度比拉米夫定快得多，但本質上，無論降的速度多快，最終結果不大同小異。因為它們的作用原理是一樣的。雖然HBV DNA下降快，但治療一年的血清轉換率與拉米夫定沒有大的區別。
干擾素alfa除了直接抗病毒的作用外，最主要的作用是可以加強人體免疫對乙肝病毒的識別，加強淋巴細胞對感染肝細胞的清除。一種叫做CD8+的淋巴細胞激活後，識別感染的肝細胞，將其溶解破壞，將CCC-DNA一起清除。這種通過免疫激活所獲得的應答，停藥後多較持久。
核苷類似物只抑制細胞將內的HBV DNA合成，對人體免疫沒有作用，不能通過激活免疫功能清除CCC DNA，這種只抑制細胞漿內病毒，停藥後多數復發，必須長期用藥，不能間斷。
