①葡萄球菌敗血症。由於金黃色葡萄球菌中能產生β-內酰胺酶的菌株已達90%左右，所以青黴素G對其效果很差，而第一代和第三代頭孢菌素對β-內酰胺酶的作用有不同程度的抑制，對其敏感的菌株可達90%，所以頭孢噻吩、頭孢唑啉、頭孢噻肟、頭孢哌酮/舒巴坦等。現在經常使用，也可以 阿米卡星、慶大黴素和萬古黴素聯合治療耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌是首選。
②革蘭氏陰性桿菌敗血症：氯黴素、氨苄青黴素，現在普遍耐藥，第三代頭孢菌素對這些細菌有較強的抗菌活性，敏感率一般大於90%，第二代頭孢菌素對大腸桿菌和S.pneumoniae，所以對這類敗血症可選擇第二代和第三代頭孢菌素，可與慶大黴素或阿米卡星合用，也可與哌拉西林合用。頭孢克肟應用於銅綠假單胞菌敗血症時效果不佳，以頭孢哌酮、頭孢哌酮/舒巴坦為好，或上述藥物與氨基糖苷類抗生素合用，療效也不錯，氧氟沙星。環丙沙星等喹諾酮類藥物對包括銅綠假單胞菌在內的G型細菌有較強的抗菌活性，且受外界影響小，與其他類型的抗菌藥物未見交叉耐藥性，副作用輕，也是臨床上常用的。在臨床上也常被選用。
③厭氧菌敗血症：常為複數細菌混合感染，選藥時應考慮到兼職厭氧菌或需氧菌，常選藥物有氯黴素、萬古黴素、林可黴素、克林黴素、羧苄青黴素、氨苄青黴素、頭孢氨苄、頭孢曲松、甲硝唑、替硝唑、環丙沙星和氧氟沙星。
④真菌性敗血症：本病在20世紀50年代曾用兩性黴素B治療，它具有很強的抗真菌作用，但由於其毒副作用而限制使用。20世紀80年代以來，出現的咪康唑（Dakine）是一種合成的1-苯乙基咪唑衍生物，對念珠菌、麴黴菌、隱球菌等。具有較強的抗菌性，不必與其他抗真菌藥物合用，可靜脈注射，也可囊內、鞘內、外傷等多途徑給藥，氟康唑（大扶康）是一種新型的三唑類抗真菌藥物，能特異性地有效抑制真菌甾醇的合成，與血漿蛋白結合率低，能滲透到體液中，有靜脈注射和口服兩種劑型，雖然上述兩種藥物有一定毒副作用，患者仍能耐受。在重要臟器功能條件的監護下，現在應用較為廣泛，當真菌和細菌感染同時存在時，選藥極為困難，殺滅細菌，真菌氾濫，抑制真菌，細菌就會成災，大蒜注射液可以同時控制真菌和細菌的生長，建議使用，但效果較弱，對嚴重感染往往不起作用。
