腸功能障礙可由於解剖組織、消化吸收和屏障功能受損等引發，故處理上也可以概括為營養代謝治療、維護腸屏障功能和消化道解剖功能重建。
臨床營養支持被譽為20世紀後1/4世紀醫學上的一大進展。當腸功能發生障礙時，消化吸收功能有明顯減退或完全喪失，導致機體的營養缺乏。無疑，營養支持對腸功能障礙是一項不可少的治療措施。20世紀70年代以前，當腸消化吸收面積不足時，缺乏有效的營養補充方法，小腸短於50cm者難以存活。1968年，由Dudrick和Wilmore 倡導用腔靜脈置管輸注營養液。1970年，太空飲食(要素膳)應用於臨床後，改變了以往病人因胃腸功能障礙而無法供給營養的狀況，帶動了病人代謝改 變的研究，改善了危重症病人的營養狀況，提高了危重病的治癒率，促進了病人的康復。70年代後，全靜脈營養成功地應用於臨床，改善了短腸綜合徵病人的預後。當時全靜脈營養有“人工胃腸”(artificial gut)之稱。現在，對腸道功能有較全面的瞭解，認為“人工胃腸”一詞有過譽之處，不再被應用。但腸外營養對腸粘膜吸收消化面積減少的病人，的確仍是一個有效的措施，維持了那些病人的營養，延長了生命。正是由於它的有效，第七屆國際小腸移植會議提出了對腸衰竭病人首選腸外營養的建議。為了便於短腸綜合徵等腸吸收不良病人長期應用腸外營養，而提出了家庭營養支持的方法。遺憾的是長期腸外營養的病人可出現某些代謝併發症，如肝功能損害、骨質疏鬆等。
經半個世紀的臨床應用，證實腸外營養(PN)支持能在病人胃腸道無功能或有障礙時，提供病人能賴以維持生命的所需營養，如超短腸(<30cm)的病人。實踐證明，腸內營養(EN)支持能改善門靜脈系統循環，有利於恢復腸蠕動、維護腸屏障功能、改善肝膽功能、促進蛋白質合成、腸襻組織的康復、免疫功能的調控，特別是維護腸屏障功能，彌補了PN支持的不足。
EN有助於維持腸黏膜細胞結構和功能的完整性，支持腸道黏膜屏障，能明顯減少腸源性感染的發生，其作用機制包括：①維持腸黏膜細胞的正常結構、細胞間連接和絨毛高度，保持黏膜的機械屏障；②維持腸道固有菌群的正常生長，保持黏膜的生物屏障；③有助於腸道細胞正常分泌IgA，保持黏膜的免疫屏障；④刺激胃酸和胃蛋白酶分泌，保持黏膜的化學屏障； ⑤刺激消化液和胃腸道激素的分泌，促進膽囊收縮、胃腸蠕動，增加內臟血流,使代謝更符合生理過程，從而減少了肝、膽併發症的發生率。尤其是當病情危重時，機體免疫功能下降，腸道低血流狀態導致腸黏膜營養性損害，同時危重狀態下代謝受損，TPN易使代謝偏離生理過程，代謝併發症增加。此時，EN顯得尤為重要。
近40年中，營養支持途徑的選擇大約可分為四階段，每10 年更改一次。20世紀70 年代，“當病人需要營養支持時，首選靜脈營養”；20世紀80年代，“當病人需要營養支持時，首選周圍靜脈營養”；20世紀90年代，“當腸道有功能，且能安全使用時，使用它”；當前，“應用全營養支持，首選腸內營養，必要時腸內與腸外營養聯合應用”。 PN與EN各有優缺點，在臨床應用時，常常兩者兼用，互補不足。
損害腸粘膜屏障的最主要因素是腸粘膜的供血與供氧不足。導致腸粘膜細胞萎縮、凋亡，細胞間緊密部鬆弛、通透性(permeability)增加，為腸內細菌、內毒素提供了通道，同時免疫屏障也遭到破壞。因此，為維護腸粘膜屏障功能，首先是要調控整個機體的循環與供氧。當機體處於應激狀態時，腸道的血供呈生理性的減少，供氧亦受限。待機體復甦後，腸道血循環的恢復常滯後於全身循環的恢復。腸粘膜血供不足的時間越長，越加重腸粘膜屏障功能的損害。因此，復甦後應注意促進腸粘膜功能的恢復。腸粘膜細胞的增長需要與食糜直接接觸。這是早期給予腸內營養的一個重要依據。“早期”標準是甚麼？從理論上講，應是事件發生後即開始灌食。這在動物實驗中可以實現。模型製成後即可開始腸內營養，在臨床，有於手術後6h即開始腸內灌注者。這些都是有準備性的處理，而病人的疾病、創傷都是在無準備的條件下發生。至接受醫療處理常有一定的時間差距。同時，機體處於應激狀態時，常有呼吸、循環障礙，也有內穩態失常，有時腸功能已發生障礙，意欲給予腸內營養也難以成功。經過多年的臨床實踐，危重病人的腸內營養多在接受醫療處理24~48h後，呼吸、循環紊亂已經得到糾正，內穩態已進入穩定狀態時給予。
谷氨醯胺是一個組織特需氨基酸(tissue specific amino acid)，為生長迅速的細胞所特需。腸粘膜細胞需要谷氨醯胺作為它的主要能量。因此，營養物質中應添加谷氨醯胺以促進腸粘膜細胞的生長。谷氨醯胺是一種非必需氨基酸，它的溶解度低，溶液不穩定，易於水解，故在常用的腸內、腸外營養製劑中不含有谷氨醯胺。實驗證明，在腹腔感染大鼠模型，谷胺酰胺能促進腸粘膜細胞的增生，有效地維持腸粘膜的通透性，有利於維護腸粘膜屏障功能。至於谷氨醯胺從腸道灌注或是谷氨醯胺雙肽從腸外途徑給予的效果尚有不同認識。有人認為從腸道給予效果不佳，也有人認為在給予腸道營養時，無需從靜脈給予谷氨醯胺。我們的動物實驗結果說明，從腸道給予谷氨醯胺確有促進腸粘膜細胞增生的效果。
在膳食中，水溶性和非水溶性纖維對小腸、結腸的黏膜生長和細胞增殖均有刺激和促進作用，但不同的膳食纖維對腸道的形態結構、胃腸道蠕動和營養素吸收，起著不同的作用。非水溶性纖維(纖維素)可增加糞便容積，促進腸道蠕動；而特異性水溶性纖維(如果膠)則可延緩胃排空，減慢腸道運送食物時間，因而具有抗腹瀉作用。可酵解的水溶性纖維(非澱粉多糖)可被厭氧菌分解代謝，產生短鏈脂肪酸(SCFA)。SCFA(乙酸、丙酸、丁酸)易於被結腸黏膜吸收，作為能量被利用，並且對小腸和結腸黏膜均有營養刺激作用，促進腸黏膜細胞增生，特別是結腸對水和鈉的吸收。
腸屏障除粘膜屏障外，還有免疫屏障及生物屏障。生物屏障包含胃腸道的生理性分泌(胃腸液,如粘液)，與腸道內的原藉菌。腸粘液可包裹細菌、毒素。胃液的高酸度是一種有效的生理殺菌劑。腸道原藉菌除具有對人體的生理功能外，對致病菌也有制約作用。因此，在維護腸道粘膜屏障功能的同時!也必須注重維護其他屏障作用，不要人為地抑制、減少胃液的產生與量。不要濫用抗生素擾亂腸內細菌的生態平衡。危重病人後期發生真菌感染，不少是源於腸道細菌生態失衡，腸粘膜屏障障礙所致。
胃腸道的重建在外科手術方面有各種各樣的方法，並也都取得滿意的效果。目前，微創技術更符合生物學的要求。正如其他器官那樣，當腸功能不可逆轉時，腸移植是一個合理的治療措施。主要的適應證是短腸綜合徵、先天性畸形和多器官聯合移植。小腸移植的發展較其他實質器官移植緩慢。在20世紀70年代前，曾寄希望於PN，以為PN支持能提供營養，從而維持病人的生命。但長期PN帶來了肝功能嚴重損害和骨質疏鬆症等嚴重併發症，以致肝也不得不進行移植。於是腸移植又引起重視，但因此而耽誤約15年的時間。直至1988年始方有臨床移植成功的病例。但由於小腸淋巴細胞多，腸腔內有大量細菌，腸功能多又複雜，導致腸移植的排斥率高、感染重，功能恢復差，總的失敗率高。1年存活率為70 ％ ，3年為60 ％ ，5年為45 ％。從 1985 至2005年的 20 年間，全世界註冊的小腸移植病人僅為 1,210例。近年來，腸移植技術不斷進步，尤其是誘導免疫抑制方法的改善，使成功率有所提高。選擇小腸移植適應證的原則已由“腸衰竭病人能耐受營養支持者，首選營養支持，不能耐受營養支持，病 情繼續惡化者，選擇腸移植或肝腸聯合移植 ”轉變為“不可逆的腸衰竭病人應儘早行小腸移植，無論是小腸移植的費用還是手術效果，均優於出現肝衰竭後再行小腸移植 ”。
腸功能障礙是臨床常見的一種器官障礙，營養支持的發展幫助解決了營養不足的問題，也有利於腸粘膜屏障功能的維護。但是，對腸功能障礙的認識與維護還有待深入的研究，取得更有效的措施。同時，怎樣評定腸功能，篩選有效監測指標，還需要有更多的臨床研究。
