1、病毒感染
婦女在懷孕最初3個月，特別是懷孕3周-8周，如遭到病毒感染，胎兒易發生心臟血管畸形。其中風疹病毒是引起胎兒先心病的主要罪魁禍首。此外，流感、流行性腮腺炎、柯薩奇病毒、皰疹病毒等也往往是小兒先心病的“作案者”。
2、不良嗜好
孕婦嗜好“吞雲吐霧”或丈夫吸菸、妻子“被動吸菸”可使胎兒畸形或小兒先心病發生。嬰兒先心病發病率，吸菸母親所生嬰兒是不吸菸母親的二倍。夫妻“酒後同房受孕”，會使胎兒染色體發生異常，生下患酒精中毒症的嬰兒，大多數伴有心臟血管異常。
3、家族遺傳史
兄弟姐妹同時患先心病、父母與子女同時患先心病的情況頗不少見了，而且其疾病性質甚為近似。若母親所生的第一胎患有先心病，第二胎患病的可能性為2%左右;若連續兩胎皆為先心病者，再生的先心病兒可能增至10%。若母親患有先心病，第二代患先病的危險性為10%。
4、近親婚配
近親婚配是使胎兒致畸而發生先心病的高危因素。
