艾滋病毒潛伏期的長短因個人體質不同而不同。而這種差異可能與許多因素有關，如入侵的HIV病毒類型、感染途徑和艾滋病患者的精神狀態。人在感染HIV後需要0.5到20年，平均7到10年才會發展成艾滋病，這段時間被稱為潛伏期。在潛伏期內，艾滋病毒包含在艾滋病毒感染者的血液、精液、陰道分泌物、母乳和器官中，具有傳染性。
艾滋病的臨床症狀是多種多樣的，通常開始時有感冒、流感、全身乏力、食慾不振、發燒、體重下降等症狀。隨著病情的加重，症狀增多，如皮膚和粘膜的白色念珠菌感染、單純皰疹、帶狀皰疹、紫斑、血腫、血尿、積血點、皮膚易損傷、受傷後出血等；後來，病情逐漸侵入內臟器官。侵入內臟後，出現持續不斷的不明原因的發熱，可持續3-4個月；也可出現咳嗽、氣短、持續腹瀉、便血、肝脾腫大、併發惡性腫瘤、呼吸困難等。由於症狀的複雜性，不是每個病人都會出現上述所有的症狀。一般來說，一個或兩個或更多的症狀是常見的。如果是肺部，往往是呼吸困難、胸痛和咳嗽；如果是胃腸道，可引起持續性腹瀉、腹痛和虛弱；如果是血管道，可引起血管血栓性心內膜炎和血小板減少性腦出血。
許多感染HIV的人在潛伏期沒有任何症狀，但有些人在感染早期可能會出現發燒、頭暈、虛弱、喉嚨痛、關節痛、皮疹、淺表淋巴結腫大，有些人還會出現腹瀉。這些症狀通常在1-2周後消失，此後病人進入無症狀的潛伏期。在潛伏期血液中含有HIV的病人被稱為HIV感染者，或HIV陽性，或HIV陽性。艾滋病病毒感染者具有高度傳染性，是傳播艾滋病的最重要傳染源。
在漫長的潛伏期內，感染者沒有任何症狀，看起來和正常人一樣，但免疫系統繼續受到HIV的損害，直到免疫系統不再能夠發揮最低限度的防禦作用。一些惡性腫瘤也是由病人的抗病能力引起的。有些惡性腫瘤也是在病人的抵抗力極低時產生的。艾滋病患者的症狀因發生條件性感染的內臟器官和發生腫瘤的部位而不同。
