1、感染：患者接受造血幹細胞移植後，由於免疫功能的抑制，發生感染的機會明顯增加，發生率50％～80％。感染病變可能發生在身體的任何部位，可能來自移植操作的併發症、潛在的感染病原體激活、環境中接觸的新病原體。引起感染的病原體包括細菌、真菌、病毒、寄生蟲等。感染仍是目前影響移植個體長期存活的主要因素之一。
2、移植失敗：是造血幹細胞移植最嚴重的早期併發症之一。由於移植物未能成功植入，造血重建失敗，臨床呈現患者全血象嚴重減低伴骨髓空虛或增生減低，感染、出血併發症重，處理困難，死亡率高。但隨著移植技術的不斷進步，目前移植失敗的發生率已降低至5％以下，甚至更低。
3、移植物抗宿主病（GVHD）：是造血幹細胞移植的主要併發症和死亡原因，它的發生與供受體之間的免疫遺傳學差異有關。GVHD通常分為急性GVHD和慢性GVHD。急性GVHD主要累及皮膚、腸道和肝臟，臨床表現為皮疹、腹瀉、肝功損傷。慢性GVHD是一種類似自身免疫性疾病的全身性疾病，常累及多個器官。
4、出血性膀胱炎：是造血幹細胞移植的常見併發症之一，是由於預處理所用化療藥物損傷膀胱粘膜所引起的，臨床表現為不同程度的血尿，多數患者經過大量輸液、鹼化尿液等治療後可以痊癒。由於目前移植過程中應用藥物預防，出血性膀胱炎的發生率和嚴重程度都降至較低水平。
5、遠期合併症：主要涉及呼吸道和肺部疾病、甲狀腺功能減退、性腺機能減退、白內障、繼發第二腫瘤等等。這些合併症主要由於移植過程中的放療、化療等毒副作用所致，發生率並不高。
