小兒MP肺炎的診斷，依據的是患兒的病史、臨床表現和輔助檢查，臨床醫生需綜合分析這些臨床資料，有時還需結合MP的流行病學情況，才能做出正確、全面的診斷。
診斷要點為：①持續劇烈咳嗽，X線所見遠較體徵為顯著。如在年長兒中同時發生數例，可疑為流行病例，可早期確診。②白細胞數大多正常或稍增高，血沉多增快，Coombs試驗陽性。③青、鏈黴素及磺胺藥無效。④血清冷凝集素(屬IgM型)大多滴度上升至1∶32或更高，陽性率50%～75%，病情愈重陽性率愈高。冷凝集素大多於起病後第1週末開始出現，至第3～4周達高峰，以後降低，2～4月時消失。此為非特異性反應，也可見於肝病、溶血性貧血、傳染性單核細胞增多症等，但其滴度一般不超過1∶32。而腺病毒所致年長兒肺炎，冷凝集素多為陰性。⑤血清特異性抗體測定有診斷價值，臨床常採用者有補體結合試驗，間接血凝試驗，間接免疫熒光法及酶聯免疫吸附試驗等;此外也可用酶聯免疫吸附試驗檢測抗原。近年有用MP膜蛋白製成的單克隆抗體檢測標本中抗原的報道。應用DNA探針及PCR檢測MP-DNA，診斷有快速、特異性高等優點。⑥用病人痰液或咽拭子洗液培養MP需時太久，常要2～3周，因此對臨床幫助不大。
目前，許多用於檢測診斷MP的實驗方法和試劑還處在實驗研究階段，其臨床應用的準確度和敏感度及可信度都有待臨床評價;已通過衛生部認定可臨床普及應用的試劑仍很少。
